El Bacillus megaterium se ha empleado industrialmente durante más de 50 años, ya que posee algunas enzimas muy útiles e inusuales y una gran capacidad para la producción de exoenzimas. También es un huésped de clonación deseable para la producción de proteínas intactas, ya que no posee proteasas alcalinas externas y puede mantener de forma estable una variedad de vectores plasmídicos. Las herramientas genéticas para esta especie incluyen fagos transductores y varios cientos de mutantes que cubren los procesos de biosíntesis, catabolismo, división, esporulación, germinación, resistencia a los antibióticos y recombinación. Los siete plásmidos de la cepa QM B1551 de B. megaterium contienen varios genes metabólicos inusuales que pueden ser útiles para la biorremediación. Recientemente, se han construido varios vectores lanzadera recombinantes que llevan diferentes promotores inducibles fuertes y varias combinaciones de etiquetas de afinidad para la purificación sencilla de proteínas. Se ha hecho posible la exportación mediada por secuencias líderes de proteínas marcadas por afinidad en el medio de crecimiento. Estos plásmidos están disponibles en el mercado. Para una aplicación más amplia de B. megaterium en la industria, se construyeron mutantes deficientes en esporulación y proteasas, así como sensibles a los rayos UV. Ya está disponible la secuencia del genoma de dos cepas diferentes, la DSM319 sin plásmidos y la QM B1551 con siete plásmidos naturales. Estas secuencias permiten una optimización de la biotecnología de sistemas del huésped de producción B. megaterium. En conjunto, una «caja de herramientas» de cientos de cepas caracterizadas genéticamente, métodos genéticos, vectores, hospedadores y secuencias genómicas hacen de B. megaterium un organismo ideal para aplicaciones industriales, medioambientales y experimentales.
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