Contexto
En el año 49 a.C. la relación de César con el Senado romano se había deteriorado peligrosamente. Tras haber conquistado y pacificado recientemente a las tribus galas, se encontraba estacionado en la Galia Cisalpina cuando recibió órdenes del Senado de ceder el mando de sus 10 legiones veteranas. Ya había enviado dos legiones a Roma en el 51 a.C. a petición del Senado, presumiblemente para una campaña parta en la que nunca se utilizaron. Se resistía a entregar el resto de sus legiones, nueve de las cuales estaban invernando en la Galia. César comprendió que su carrera política se desvanecería si obedecía la demanda del Senado, pero también sabía que desafiarla sería un acto de guerra. Decidió que la guerra era favorable. El 10 y 11 de enero del 49 a.C., César llevó a la Legio XIII Gemina a través del río Rubicón y hacia Italia propiamente dicha.
El Senado estaba seguro de que los pueblos y ciudades a lo largo de la marcha de César hacia el sur se unirían en defensa de la república, pero esa suposición pronto se demostró falsa. Pompeyo era el único cónsul en ese momento y, aunque en su día fue compañero de triunvirato de César, ahora era un firme defensor del Senado y de la república. El Senado sólo contaba con dos legiones en Italia -las dos que había enviado César- y el escaso apoyo en el norte complicaba su capacidad de reunir nuevas tropas. Pompeyo instó a sus compañeros senadores a evacuar Roma y retirarse con su ejército a Brundisium (la actual Brindisi), situada en el talón de la península italiana. Cuando César llegó a Roma, la ciudad le abrió sus puertas. En marzo se había reforzado con cuatro de sus legiones galas y avanzó sobre Brundisium, pero no antes de que Pompeyo y el Senado abandonaran Italia para reagruparse en el Epiro.
Con toda la Península Itálica ahora en su poder, César observó que mientras el pequeño ejército de Pompeyo estaba al otro lado del mar Adriático, siete legiones leales seguían estacionadas en Hispania, aunque sin un general. Optó por eliminar primero al ejército más numeroso antes de que pudiera organizarse. Regresó brevemente a Roma en abril, donde perdonó a sus oponentes políticos, instaló un nuevo Senado y reunió al menos 14 legiones. Luego, dejando una guarnición considerable en Italia, César se reunió con algunas de sus fuerzas galas en el sur de la Galia antes de cruzar a Hispania. Aplastó a los leales en Ilerda en agosto y forzó la rendición de dos legiones en Córdoba al mes siguiente. Cuando regresó a Roma en octubre, el Senado de César lo proclamó dictador, confiriéndole autoridad suprema y amplios poderes de emergencia.
En los siete meses posteriores a su huida al Epiro, Pompeyo y los senadores leales reunieron un formidable ejército. Las abundantes provincias orientales y los reinos clientes elevaron la fuerza de combate del Senado a nueve legiones en tierra y una flota de 300 barcos que dominaba el mar. Tras invernar en Dyrrhachium, Pompeyo pretendía invadir Italia y salvar a la república del despotismo, como había hecho su mentor Sulla más de 30 años antes. César esperaba acabar con este plan en sus inicios. El Senado esperaba que César cruzara el Adriático en la primavera del 48 a.C., cuando el tiempo fuera más cálido y los vientos más fuertes. Se sorprendieron al encontrarlo en las costas de Epiro en enero con siete legiones veteranas. Cuatro legiones, al mando de Marco Antonio, no pudieron cruzar por la fuerte flota leal y se vieron obligados a invernar en Brundisium. Sin embargo, este contratiempo no supuso un obstáculo para César. Atravesó la región y se apoderó de Apolonia y Oricum en el camino hacia Dyrrhachium. Allí construyó fortificaciones alrededor de la ciudad y la bloqueó durante seis meses, tiempo durante el cual Antonio pudo alcanzar a César con las cuatro legiones de Brindisi. Pompeyo rompió el bloqueo pero no logró aplastar al ejército de César.
Ahora era agosto. Sin inmutarse, César y sus legiones se escabulleron de su campamento por la noche. Luego marcharon hacia el este. Pompeyo los persiguió, probablemente bajo presión; sus compañeros senadores estaban cada vez más preocupados y exigían un rápido fin a lo que ya había sido más de un año y medio de guerra civil. César optó por cruzar los montes Pindus y adentrarse en la provincia de Macedonia, donde encontró un valle fértil para alimentar a sus tropas mientras esperaba a sus enemigos. El lugar exacto en el que Pompeyo acampó con sus legiones en este valle -y, en consecuencia, el nombre de la batalla posterior- ha sido objeto de un acalorado debate entre los estudiosos, un detalle que se complica tanto por las discrepancias entre los relatos antiguos como por las pruebas arqueológicas modernas. Una teoría más antigua sostiene que acampó al sureste del río Enipeus, en la ladera adyacente a la ciudad de Farsalia (la actual Fársala), de la que deriva el nombre convencional de la batalla. Una teoría más reciente y con creciente apoyo considera que acampó al norte del río en una ladera junto a Palaepharsalus («antigua Farsalia», posiblemente la moderna Kríni), en cuyo caso la batalla se denominaría propiamente batalla de Palaepharsalus. No obstante, los estudiosos de ambos bandos coinciden en que Pompeyo situó sus legiones en una ladera a pocos kilómetros del campamento de César en el valle y que el Enipeus era un hito natural definitorio.