Tässä poikkeuksellisen oivaltavassa kirjassaan Racism: Stanfordin yliopiston historioitsija George M. Fredrickson toteaa paradoksaalisesti, että käsitykset ihmisten tasa-arvosta olivat välttämätön edellytys rasismin syntymiselle. Jos yhteiskunnan lähtökohtana on oletus epätasa-arvosta, joka tuottaa hyväksytyn hierarkian – jota eivät kyseenalaista edes ne, jotka on alennettu sen pohjalukemiin – niin silloin ei ole tarvetta paikantaa alempiarvoisten aseman syytä johonkin erityiseen ominaisuuteen, joka tekee heistä vähemmän arvokkaita kuin muista.
Mutta kun yhteiskunnat ovat yhä enemmän sitoutuneet uskoon vapauteen ja tasa-arvoon — kun aikoinaan vallankumoukselliset ajatukset kaikkien yhtäläisistä oikeuksista ovat yleistyneet erityisesti länsimaissa — silloin niiden ryhmien, joilta systemaattisesti evätään nämä oikeudet, väitetään omaavan sen, mitä Fredrickson kutsuu ”joksikin poikkeukselliseksi vajavuudeksi, joka tekee heistä vähemmän kuin täysin inhimillisiä”. Toisin sanoen rasismi syntyi ristiriidasta, joka syntyi tasa-arvoisten periaatteiden ja tiettyjen etnisten ryhmien poissulkevan kohtelun välisestä ristiriidasta: orgaanisesti hierarkkisten yhteiskuntien hylkääminen toi mukanaan implisiittisen tarpeen selittää se tosiasia, että jotkin ryhmät alistettiin orjuuteen, pakotettuun erottamiseen muusta yhteiskunnasta tai gettouttamiseen.
Kahdeksaatoista vuosisadan lopusta alkaen, kun valistusrationalismi korvasi uskon ja taikauskon auktoriteettien lähteenä, tieteen lausunnoista tuli ensisijainen tapa sovittaa yhteen periaatteiden ja käytännön välinen ero. Yhteiskunnissa, joissa on harjoitettu järjestelmällistä tiettyjen roturyhmien syrjintää, siihen on väistämättä liittynyt yrityksiä perustella tällainen politiikka tieteellisin perustein.
Laaja-alaisesti ottaen rotusyrjinnän tueksi on tarjottu kolmenlaisia tieteellisiä selityksiä, joista jokaisella on pitkä historia. Yksi lähestymistapa on ollut väittää, että rotujen risteytymiseen liittyy biologisia vaaroja. Juuri tämän uskomuksen perusteella Yhdysvalloissa ja Etelä-Afrikassa oli vuosikausia voimassa lakisääteisiä avioliittokieltoja. Ensimmäiset oletetut todisteet tälle päätelmälle antoivat 1800-luvun puolivälissä lähinnä lääkärit, jotka väittivät, että sekaverisyytensä vuoksi ”mullatit” olivat huomattavasti alttiimpia sairauksille kuin kumpikaan heidän vanhemmistaan ja siksi poikkeuksellisen lyhytikäisiä. Lisäksi jos sekarotuiset henkilöt avioituivat keskenään, heistä tuli tuon ajan johtavien antropologien mukaan asteittain vähemmän hedelmällisiä ja lopulta täysin steriilejä.
Kahdennenkymmenennen vuosisadan alussa, pian sen jälkeen, kun tiedeyhteisö oli löytänyt Gregor Mendelin työn, joka johti uuteen, jännittävään biologian osa-alueeseen, genetiikan tutkijat varoittivat siitä, että ”kaukana toisistaan olevien” rotujen keskinäinen avioliitto saattoi aiheuttaa niin sanottuja geneettisiä ”epäsuhtaisuuksia”. Charles Benedict Davenport, tuolloin maailmankuulu tutkija, havaitsi esimerkiksi, että jos pitkän rodun, kuten skottien, jäsen parittelisi pienikokoisen rodun, kuten eteläitalialaisten, jäsenen kanssa, heidän jälkeläisensä saattaisivat periä toiselta vanhemmalta suurten sisäelinten ja toiselta vanhemmalta pienikokoisen ruumiinrakenteen geenejä, mikä johtaisi kehoon nähden liian suuriin sisäelimiin. Nämä väitteet eivät luonnollisestikaan olleet pitkään kestäviä, mutta ne korvattiin pian vaikeammin kumottavilla väitteillä, kun jotkut yhteiskuntatieteilijät väittivät, että sekarotuisten vanhempien lapset olivat moraalisesti ja älyllisesti alempiarvoisia kuin jompikumpi vanhemmista.
Vaikka uskomus tällaisiin geneettisiin epäsuhtaisuuksiin oli aikoinaan melko laajalle levinnyt tiedeyhteisön piirissä, ja siihen viitattiin nimenomaan järkiperäistääkseen erilaisten rotusorjuntapolitiikkojen toteuttamista, nykyään tämä käsitys nauttii paljon vähemmän uskottavuutta. Vaikka ei ole kuitenkaan saatu minkäänlaisia todisteita siitä, että rotujen risteytyminen voisi tuottaa minkäänlaista disharmoniaa, varoitukset jonkinlaisesta geneettisestä epäsovinnaisuudesta eivät ole vielä läheskään täysin kadonneet. Vain muutama vuosi sitten Glayde Whitney, tunnettu geneetikko ja Behavior Genetics Associationin entinen puheenjohtaja, väitti, että ”kaukana toisistaan elävien rotujen” avioituminen voi aiheuttaa haitallisen geneettisen sekoituksen jälkeläisissä, ja mainitsi afroamerikkalaisia vaivaavat monenlaiset terveysongelmat ja heidän korkean lapsikuolleisuuslukunsa esimerkkeinä valkoisten geenien aiheuttamien ”hybridi-epäsoveltuvuuksien” vaikutuksista, jotka jäivät havaitsematta ”yhden pisaran” sopimuksen vuoksi, jonka mukaan kaikki ”hybridit” ovat mustia. Ei ole yllättävää, että hän oli myös säännöllinen puhuja uusnatsiryhmissä, ja puheessaan holokaustin kieltäjien kokouksessa hän syytti juutalaisia salaliitosta, jonka tarkoituksena oli heikentää valkoisten asemaa taivuttelemalla heidät laajentamaan poliittista tasa-arvoa mustiin.Toinen suuntaus rotusyrjinnän tieteellisessä perustelussa on ollut väite, jonka mukaan ennakkoluulot ovat luonnollinen ja itse asiassa välttämätön ilmiö, joka on välttämätön evoluutioprosessin tehokkuuden kannalta, koska se takaa geenipoolien eheyden. Tämän näkemyksen mukaan evoluution valikoiva vaikutus ei kohdistu yksilöihin vaan ryhmiin, minkä vuoksi rodut on pidettävä erillään toisistaan ja suhteellisen homogeenisina, jotta evoluutio voisi edetä. Eräs tätä uskomusta kannattava antropologi kutsuu taipumusta ”epäluuloon ja vastenmielisyyteen” toisten rotujen jäseniä luonnolliseksi osaksi ihmisen persoonallisuutta ja yhdeksi sivilisaation peruspilareista.
Loppujen lopuksi tavallisin tapa, jolla tiedettä on käytetty rotusyrjinnän tukemiseen, on lausunnot, joiden mukaan joillakin ryhmillä on systemaattisesti muita huonommat ominaisuudet tärkeissä kognitiivisissa tai käyttäytymiseen liittyvissä ominaisuuksissa. Tämä ei tarkoita sitä, etteikö näissä ominaisuuksissa voisi olla ryhmäeroja, vaan pikemminkin sitä, että tässä vaiheessa ei voida tehdä selkeitä johtopäätöksiä, joilla ei joka tapauksessa olisi merkitystä sosiaalisen ja poliittisen tasa-arvon kannalta. Tällaisia väitteitä on kuitenkin käytetty jo pitkään sortotarkoituksiin. 1900-luvun ensimmäisellä neljänneksellä oltiin erityisen huolissaan varhaisista älykkyystestien tuloksista, joiden väitettiin osoittavan, että etelä- ja itäeurooppalaiset olivat paitsi älyllisesti huonompia kuin pohjoiset kollegansa, myös kelvottomia itsehallintoon. Jotkut tuon ajan merkittävimmistä tiedemiehistä selittivät, että pohjoismaalaiset, joille oli ominaista suurempi itsevarmuus ja päättäväisyys sekä älykkyys, olivat geneettisen luonteensa vuoksi tuomittuja hallitsemaan muita rotuja. Viimeisen puolen vuosisadan aikana älyllisiä ja moraalisia ominaisuuksia koskeva kiista on keskittynyt lähinnä mustien ja muiden rotujen välisiin eroihin, joihin usein vetosivat ne, jotka pyrkivät säilyttämään valkoisen vähemmistön vallan Etelä-Afrikassa ja laillisen segregaation Yhdysvalloissa.
Tänään tunnetuin tutkija, joka on korostanut rotujen välisten erojen merkitystä, on kanadalainen psykologi J. Philippe Rushton, joka on kirjoittanut teoksen Rotu (race), evoluutio (evoluutio) ja käyttäytyminen (race): A Life History Perspective, joka jaettiin pyytämättä lyhennettynä versiona kymmenille tuhansille yhteiskuntatieteilijöille hienovaraisena yrityksenä vaikuttaa sekä tutkijakollegoihin että yleiseen mielipiteeseen. Lyhennetyn pokkarin esipuheessa Rushton lupasi selittää, miksi rodut eroavat toisistaan rikollisuudessa, oppimiskyvyssä ja aidsin esiintyvyydessä. Sitä seuranneessa selvityksessä hän väitti, että mustien käyttäytyminen, olipa kyse sitten Afrikasta tai diasporasta, heijastaa hänen mukaansa ”evoluution peruslakia”, jonka mukaan lisääntymisstrategia on sidoksissa älylliseen kehitykseen siten, että mitä pidemmälle jälkimmäinen on kehittynyt, sitä vähemmän jälkeläisiä syntyy ja sitä enemmän aikaa ja vaivaa kunkin jälkeläisen hoitamiseen on panostettava. Näin ollen hän julisti, että valkoihoisiin ja aasialaisiin verrattuna mustat olivat yleensä seksuaalisesti aktiivisempia ja aggressiivisempia, mutta vähemmän älykkäitä ja vähemmän kykeneviä itsehillintään, monimutkaiseen sosiaaliseen organisaatioon ja perheen vakauteen. Glayde Whitneyn tavoin myös Rushton on ollut suosikkipuhuja sellaisten järjestöjen kokouksissa, jotka ovat omistautuneet poliittiselle politiikalle, joka koodaisi valkoisen ylivallan virallisesti lakiin.
Toisen maailmansodan jälkeen kaksi Yhdistyneiden Kansakuntien kasvatus-, tiede- ja kulttuurijärjestön (Unescon) järjestämää kansainvälisesti tunnustettujen tiedemiesten konferenssia antoivat rotua koskevia lausuntoja. Vaikka niiden havainnot synnynnäisten erojen mahdollisuudesta poikkesivat hieman toisistaan, molemmat ryhmät olivat yhtä mieltä siitä, että tasa-arvo eettisenä periaatteena, joka koskee yhteiskunnan kaikkien jäsenten nautittavia oikeuksia, ei perustu mihinkään tieteelliseen päätelmään rodullisista ominaisuuksista. Tämän kannan pitäisi edelleen ohjata ajatteluamme rodusta ja tieteestä. Vaikka tässä artikkelissa käsitellyillä ajatuskannoilla ei olekaan laajaa kannatusta nykyisten tiedemiesten keskuudessa, kysymys siitä, ovatko ne sopivia aiheita tieteelliselle tutkimukselle, on sivuseikka. Tällaisten väitteiden, olivatpa ne tieteellisesti valheellisia tai päteviä, pitäisi olla täysin merkityksettömiä YK:n ihmisoikeuksien yleismaailmalliseen julistukseen kirjattujen oikeuksien kannalta.