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Bacillus megaterium est employé industriellement depuis plus de 50 ans, car il possède certaines enzymes très utiles et inhabituelles et une grande capacité de production d’exoenzymes. C’est également un hôte de clonage souhaitable pour la production de protéines intactes, car il ne possède pas de protéases alcalines externes et peut maintenir de manière stable une variété de vecteurs plasmidiques. Les outils génétiques de cette espèce comprennent des phages transducteurs et plusieurs centaines de mutants couvrant les processus de biosynthèse, de catabolisme, de division, de sporulation, de germination, de résistance aux antibiotiques et de recombinaison. Les sept plasmides de la souche QM B1551 de B. megaterium contiennent plusieurs gènes métaboliques inhabituels qui pourraient être utiles en biorémédiation. Récemment, plusieurs vecteurs navettes recombinants portant différents promoteurs inductibles puissants et diverses combinaisons de marqueurs d’affinité pour la purification simple des protéines ont été construits. L’exportation de protéines marquées par affinité dans le milieu de croissance a été rendue possible grâce à des séquences leader. Ces plasmides sont disponibles dans le commerce. Pour une application plus large de B. megaterium dans l’industrie, des mutants déficients en sporulation et en protéase ainsi que des mutants sensibles aux UV ont été construits. La séquence du génome de deux souches différentes, DSM319 sans plasmide et QM B1551 portant sept plasmides naturels, est maintenant disponible. Ces séquences permettent d’optimiser les systèmes biotechnologiques de l’hôte de production B. megaterium. Au total, une « boîte à outils » composée de centaines de souches génétiquement caractérisées, de méthodes génétiques, de vecteurs, d’hôtes et de séquences génomiques font de B. megaterium un organisme idéal pour les applications industrielles, environnementales et expérimentales.