L’année 2020 a apporté une entreprise complètement différente à l’ensemble du monde médical. Alors que les médecins étaient confrontés à un grand nombre de patients COVID-19 d’une part, ils ont essayé de mener des études pour révéler les caractéristiques du virus d’autre part. Bien que nous ayons laissé derrière nous la moitié de l’année et rencontré des millions de patients, de nombreux points du virus SRAS-CoV-2 n’ont toujours pas été élucidés. La dynamique du virus dans différents hôtes et différents échantillons et leur relation avec la gravité de la maladie n’ont pas été clairement révélées.
Dans la littérature actuelle, bien qu’il existe des études avec une taille d’échantillon relativement bonne, des résultats différents sont rapportés concernant les taux de positivité PCR . Dans cette étude, le SRAS-CoV-2 a été détecté dans différents échantillons provenant de 60 patients COVID-19. Les taux de positivité de la PCR étaient de 80 %, 50 %, 13,3 %, 8,3 % et 1,7 % pour les échantillons de NP+OP, de salive, de cavité buccale, de rectum et d’urine, respectivement. Wang et al. ont rapporté que le taux de positivité de la PCR pour les prélèvements nasaux, les prélèvements pharyngés et les fèces était de 63%, 32% et 29%, respectivement. Leur étude a porté sur 1070 spécimens provenant de 205 patients de gravité différente et a trouvé 1% de positivité dans le sang et aucune positivité dans les échantillons d’urine. Nous n’avons trouvé aucune positivité dans les échantillons de sang, mais un échantillon d’urine positif à la PCR (1,7 %) prélevé chez un patient asymptomatique. Dans certaines études, aucune positivité PCR dans les échantillons d’urine n’a été détectée, malgré l’existence d’une virémie . Il y a trop de points à éclaircir concernant la réplication extrapulmonaire du virus du SRAS-CoV-2 et les changements de la positivité de la PCR en fonction du temps. Chen et al. ont signalé que l’ARN du SRAS-CoV-2 a été détecté dans le sang (6 patients sur 57) et dans les écouvillons anaux (11 patients sur 28). Ils ont conclu à un point tout à fait différent de notre étude, à savoir que la présence du virus en dehors des voies respiratoires, comme dans le sang et les prélèvements anaux, est liée à une maladie grave. Cependant, nous avons trouvé une positivité de la PCR dans des échantillons d’urine et d’anus de patients asymptomatiques. Zheng et al. ont signalé que le taux de positivité de la PCR dans les échantillons de selles ne différait pas entre les patients atteints d’une maladie légère et ceux atteints d’une maladie grave, et ils ont détecté une seule positivité de la PCR chez un patient gravement malade parmi 180 échantillons d’urine. Notez que, bien qu’il existe des preuves qu’une charge virale plus élevée peut être trouvée dans les selles de certains patients, cela ne fournit pas de preuves substantielles pour l’utilisation d’échantillons d’écouvillons anaux comme on peut également le voir dans les résultats de cette étude où seulement 5 échantillons sur 60 patients ont été trouvés positifs.
Une autre question concernant la positivité de la PCR est sa relation avec l’infectivité. La positivité de la PCR n’indique pas toujours l’infectivité. Des études ont démontré que malgré des résultats PCR positifs, les patients sont moins susceptibles d’être infectieux après 1 semaine . Wölfel et al. ont signalé que toutes les cultures virales étaient négatives après le huitième jour. En plus de tous ces points, l’infectivité peut être affectée par la présence d’anticorps neutralisants du SRAS-CoV-2.
Depuis le début de la pandémie, les avis sont controversés sur l’infectiosité des patients asymptomatiques. Il est rapporté qu’environ 40 à 45% des patients infectés par le SRAS-CoV-2 resteront asymptomatiques . Il est surprenant de constater que dans notre étude, la charge virale des patients asymptomatiques était significativement plus élevée (p = 0,0141). Zou et al. ont évalué la charge virale du SRAS-CoV-2 dans les échantillons des voies respiratoires supérieures de 18 patients COVID-19. Ils ont inclus un seul patient asymptomatique et ont constaté que la charge virale de l’échantillon NP+OP du patient asymptomatique était similaire à celle des patients symptomatiques. La période de la maladie au cours de laquelle les échantillons pour le test PCR ont été recueillis est importante tant en termes de positivité de la PCR que de charge virale. Cette corrélation rend difficile la comparaison des résultats des études. Dans une étude incluant 31 patients adultes dont la présence de COVID-19 a été confirmée virologiquement mais qui étaient asymptomatiques à l’admission, il est rapporté que les valeurs seuils de cycle des patients asymptomatiques étaient significativement plus élevées que celles des patients asymptomatiques qui ont développé des symptômes après leur admission à l’hôpital tout en ayant une durée d’excrétion virale similaire . Dans notre étude, toutes les analyses de PCR et de charge virale ont été effectuées à l’admission à l’hôpital pour tous les patients.
Dans une étude chinoise, He et al. ont évalué les modèles temporels de l’excrétion virale chez 94 patients COVID-19 confirmés en laboratoire et ont rapporté que l’infectivité a commencé à partir de 2,3 jours avant l’apparition des symptômes, a atteint un pic à 0,7 jour avant l’apparition des symptômes et a diminué rapidement dans les 7 jours . Par conséquent, les patients commencent réellement à être infectieux avant l’apparition des symptômes et l’isolement. Il s’agit probablement de l’un des points importants qui rendent difficile le contrôle de l’épidémie. Les patients asymptomatiques sont peut-être un autre point important. Bien que l’on pense intuitivement que les patients asymptomatiques sont moins infectieux du fait qu’ils produisent moins d’aérosols puisqu’ils ne toussent pas autant que les patients symptomatiques, leurs niveaux élevés de charge virale peuvent indiquer une infectiosité plus élevée que prévue. Il faut également garder à l’esprit que les patients asymptomatiques sont rarement détectés et isolés. Par conséquent, leur rôle exact dans la pandémie pourrait être plus important qu’on ne le pensait initialement.
Il existe un nombre limité d’études dans la littérature évaluant la relation entre la charge virale et la gravité de la maladie. Shi et al. ont constaté que les cas de pneumonie avaient les charges virales les plus faibles, suivis par les cas de non-neumonie, et les cas de pneumonie sévère ayant les plus élevées, sans différences statistiquement significatives . Zheng et al. ont rapporté que la charge virale des échantillons respiratoires était significativement plus élevée chez les patients sévères que chez les patients présentant une maladie légère. Mais les échantillons respiratoires dans leur étude étaient des crachats et de la salive. Ils ont constaté que dans le groupe de patients atteints d’une maladie légère, la charge virale était plus élevée pendant la phase initiale, atteignait un pic au cours de la deuxième semaine suivant l’apparition de la maladie et diminuait ensuite. Cependant, ils ont également constaté que la charge virale restait élevée dans le groupe de patients atteints d’une maladie grave. Nous avons constaté une diminution significative de la charge virale avec l’augmentation de la gravité de la maladie. Pour interpréter correctement les études, il est absolument nécessaire de tenir compte du moment où les échantillons sont prélevés. Dans notre étude, les patients étaient dans une phase relativement précoce de la maladie puisque le temps médian entre le début de la maladie et l’admission était de 3 (1-14) jours. La raison de la faible charge virale chez les patients sévères peut être interprétée comme une admission tardive à l’hôpital. Cependant, ce n’est pas le cas dans notre étude, car aucune différence significative n’a été trouvée dans le jour d’admission à partir du début des symptômes des patients appartenant aux différents groupes de gravité (p = 0,805). To et al. n’ont signalé aucune différence entre les charges virales médianes des cas graves et des cas légers. Comme on le voit dans ces exemples, il existe des études qui trouvent la charge virale des patients sévères inférieure, supérieure ou égale (c’est-à-dire sans différence significative) par rapport aux patients légers.
Dans notre pays, l’âge moyen des cas de COVID-19 est de 42 ans . L’âge moyen des patients de notre étude était de 33,9 ans. Selon les données publiées, les patients plus jeunes sont plus susceptibles d’être asymptomatiques que les patients plus âgés . Des études ont démontré que l’âge avancé et le sexe masculin sont associés à une maladie grave. Mais on sait peu de choses sur la corrélation entre la charge virale, l’âge et le sexe. Nous avons constaté que le sexe n’est pas un facteur affectant la positivité de la PCR et la charge virale. Mais la charge virale avait une tendance négative significative avec l’augmentation de l’âge. Zheng et al. ont rapporté que la durée de l’excrétion virale était significativement plus longue chez les hommes que chez les femmes et augmentait avec l’âge. To et al. ont obtenu des résultats similaires à ceux de Zheng et al. et ont conclu que l’âge avancé est associé à une charge virale plus élevée.
Les points forts de notre étude sont l’évaluation de 6 types d’échantillons différents (OP+NP, cavité buccale, salive, rectum, urine et sang) de patients d’âges et de cliniques différents, la mise en évidence de la relation entre l’évolution de la maladie et la charge virale du SRAS-COv-2, et les différences entre les charges virales des patients asymptomatiques et symptomatiques. Notre étude présente certaines limites. Premièrement, nous n’avons effectué les tests PCR et de charge virale qu’à l’admission. Il serait préférable de procéder à des prélèvements en série pour observer la dynamique des charges virales dans les différents tissus et les schémas d’excrétion virale. Deuxièmement, nous n’avons pas évalué les échantillons des voies respiratoires inférieures. Troisièmement, tous les échantillons positifs à la PCR n’ont pas été soumis à une analyse de la charge virale. Enfin, un nombre plus élevé de patients aurait renforcé l’étude.
En conclusion, cette étude démontre que les patients asymptomatiques ont des charges virales SRAS-CoV-2 plus élevées que les patients symptomatiques et contrairement aux quelques études de la littérature, une diminution significative de la charge virale a été observée avec l’augmentation de la gravité de la maladie. Les facteurs associés à un mauvais pronostic, tels qu’une faible numération lymphocytaire, une opacité bilatérale en verre dépoli au scanner thoracique et un âge avancé, sont significativement corrélés à une faible charge virale du SRAS-CoV-2. COVID-19 est un puzzle compliqué dont les pièces ont de nombreuses couleurs et formes. D’autres études virologiques et immunologiques sont nécessaires de toute urgence pour assembler toutes les pièces et voir le tableau d’ensemble.