Krona, un Oan exilé, voyage à travers le Multivers et détruit des univers en cherchant la vérité de la création. Lorsqu’il arrive dans l’univers Marvel, le Grand Maître – voulant sauver son univers – lui propose de jouer à un jeu. Si Krona gagne, le Grand Maître le conduira à Galactus, un être de cet univers qui a été témoin de la création. S’il perd, Krona doit épargner l’univers du Grand Maître. Avant de choisir les joueurs qui participeront à ce jeu, Krona exige d’échanger les champions, de sorte que les Avengers (les adversaires de longue date du Grand Maître) représenteront Krona et la Ligue de justice (de l’univers d’origine de Krona) se battra pour le Grand Maître. Cela signifie que les Avengers doivent perdre le jeu afin de sauver leur univers.
Le Grand Maître informe la Ligue de Justice que pour sauver leur univers, ils doivent rassembler 12 objets de pouvoir – six de chaque univers – tandis que son allié Metron dit aux Avengers qu’ils doivent faire de même pour empêcher leur monde d’être détruit. Les six objets de l’univers DC sont la Lance du Destin, le Livre de l’Eternité, l’Orbe de Râ, le Masque de Méduse, la Cloche, la Jarre et la Roue des Trois Démons, et la Batterie de Puissance de la Lanterne Verte de Kyle Rayner. Les six objets de l’univers Marvel sont l’Ultimate Nullifier ; le Evil Eye of Avalon ; la Wand of Watoomb ; le Casket of Ancient Winters ; le Cosmic Cube ; et l’Infinity Gauntlet.
La Ligue des Justiciers se rend dans l’univers Marvel et sont consternés (surtout Superman) par l’incapacité des Avengers à améliorer la condition de leur Terre ; par exemple, le Flash (Wally West) rencontre un mutant à l’apparence non humaine qui fuit une foule anti-mutants et le Flash le protège de la foule. Convaincu que le Flash est un membre des Acolytes de Magneto, la foule l’attaque également. Flash découvre également que la Force Véloce (la source de ses pouvoirs) n’existe pas dans cet univers. Lorsque les Avengers visitent l’univers DC, ils sont surpris par l’architecture « futuriste » des villes de sa Terre et par les honneurs que la Ligue des Justiciers et les autres héros autochtones reçoivent pour leurs actions. En conséquence, ils (principalement Captain America) deviennent convaincus que la Ligue des Justiciers sont des fascistes qui exigent que les civils les vénèrent comme des héros.
Divers membres de la Ligue des Justiciers et des Avengers voyagent à travers les deux univers et s’affrontent pour récupérer les artefacts du pouvoir. Une bataille finale pour le Cube cosmique a lieu dans la Terre sauvage de l’univers Marvel. Après un combat acharné, Quicksilver s’empare du cube cosmique. À ce moment-là, Krona et le Grand Maître arrivent sur la scène, ce dernier observant et commentant que le score est égal à 6-6. Cependant, Batman et Captain America – qui ont enquêté ensemble sur la cause du concours et découvert sa véritable nature et ses enjeux – arrivent. Captain America lance son bouclier à dessein et fait tomber le cube des mains de Quicksilver, permettant à Batman de l’attraper. Captain America ayant renoncé au Cube cosmique, le Grand Maître annonce la victoire de la Ligue des Justiciers, le score final étant de 7-5. Cependant, Krona ne veut pas accepter la défaite et attaque le Grand Maître, lui arrachant l’identité de Galactus. Il convoque ensuite Galactus et tente d’obtenir des informations sur l’origine de l’univers. Le Grand Maître utilise le pouvoir des artefacts et fusionne les deux univers avant que Krona ne puisse déchirer Galactus.
La réalité est modifiée de telle sorte que la Ligue de Justice et les Avengers sont désormais des alliés de longue date, voyageant régulièrement entre les mondes pour combattre diverses menaces. De plus, les membres de la JLA morts depuis longtemps, le Flash (Barry Allen) et la Green Lantern (Hal Jordan), sont réapparus. Mais les univers sont incompatibles entre eux et commencent à s’autodétruire et à se détruire mutuellement, les gens passant d’un monde à l’autre. L’un des effets secondaires de cette situation est que Superman et Captain America deviennent paranoïaques, irritables et colériques ; leurs émotions s’enflamment au point qu’ils s’accusent mutuellement de tout ce qui se passe (on expliquera plus tard que les deux héros sont trop fortement synchronisés avec leur univers d’origine). L’apparition d’un Krona spectral aide les héros à se souvenir de certaines épreuves et ils découvrent ce qui arrive à leurs mondes. L’Étranger Fantôme apparaît pour conduire les héros au Grandmaster.
Affaibli par l’attaque de Krona, le Grandmaster explique comment il a rassemblé les univers pour emprisonner Krona à l’aide des 12 objets, mais Krona fusionne encore les univers pour les détruire, espérant créer un nouveau Big Bang, auquel il pourra survivre et enfin apprendre ses mystères. Avant de mourir, le Grand Maître demande aux héros réunis d’arrêter Krona et de restaurer l’ordre. Sur l’insistance de Captain America, il révèle divers événements qui se sont déroulés dans les univers séparés afin de montrer aux héros pour quelles sortes de mondes ils se battent. Chaque membre de l’équipe est témoin des tragédies qui les ont frappés dans leurs univers séparés, comme la mort de Barry Allen, la descente de Hal Jordan dans le mal, et la perte des enfants de la Vision et de la Sorcière écarlate. Certains des héros envisagent de laisser les univers tels qu’ils sont pour empêcher ces tragédies de se produire, mais Hal Jordan inspire tout le monde à travailler pour le bien de leurs mondes.
Krona a piégé les avatars universels d’Eternité et de Kismet alors que la réalité continue de changer. Il a découvert qu’une sensibilité existe dans les univers et a l’intention de forcer leurs esprits à sortir, lui livrant ainsi leurs secrets. Les deux équipes de héros concilient leurs différences et élaborent des plans pour arrêter Krona. Envahissant la base inter-dimensionnelle de Krona, Captain America dirige tous les héros qui ont été membres de la Ligue des Justiciers ou des Avengers. Le chaos chronique qui règne dans la base amène une équipe de héros en constante évolution à affronter tous les méchants que les équipes ont déjà combattus, ces derniers ayant été mentalement captivés par Krona. Bien que le chaos et les forces en présence (à la fois de Krona et des méchants invoqués) fassent tomber les héros un par un, Krona est finalement vaincu lorsque Flash le distrait suffisamment longtemps pour que Hawkeye puisse tirer une flèche explosive dans la machine qu’il utilisait pour maintenir la fusion des deux mondes, après quoi Flash s’empare des objets de pouvoir, les deux héros ayant été présumés morts au combat. Krona est alors aspiré dans le vortex en formation.
Les Terres sont séparées avec l’aide du Spectre (qui est à ce moment-là Hal Jordan, maintenant restauré dans son état actuel) et les univers retrouvent leur état normal. Alors que les héros des deux univers retournent à leur place, ils affirment que, qu’ils en fassent trop ou trop peu, ils restent des héros qui mèneront toujours le bon combat. Krona a implosé pour former un œuf cosmique, qui est stocké dans la tour de guet de la JLA ; Metron déclare que lorsque l’œuf éclot, Krona apprendra les secrets de la création de son univers en en faisant partie. Metron et le Grandmaster nouvellement ressuscité discutent de la façon dont Metron a intentionnellement attiré Krona dans l’univers Marvel. Le Grandmaster dit que c’est la première partie qu’il a jouée où toutes les parties ont gagné (le Grandmaster par le biais de la bataille entre les Justice Leaguers et les Avengers, les héros en sauvant leurs univers, et Krona en obtenant finalement les réponses qu’il cherchait).