Kontextus
I. e. 49-re Caesar és a római szenátus viszonya veszélyesen megromlott. Miután nemrég meghódította és megbékítette a gall törzseket, Ciszalpin-Galliában állomásozott, amikor parancsot kapott a szenátustól, hogy mondjon le 10 veterán légiója parancsnokságáról. Két légiót már i. e. 51-ben a szenátus kérésére Rómába küldött, feltehetően egy parthus hadjárathoz, amelyben azonban soha nem használták fel őket. Nem szívesen adta át a többi légióját, amelyek közül kilenc Galliában telelt. Caesar tisztában volt azzal, hogy politikai karrierjének vége, ha engedelmeskedik a szenátus követelésének, de azt is tudta, hogy a követeléssel való szembeszegülés háborús cselekedetnek minősül. Úgy döntött, hogy a háború kedvező. Kr. e. 49. január 10-11-én Caesar a Legio XIII Geminával átkelt a Rubicon folyón és bejutott tulajdonképpeni Itáliába.
A szenátus biztos volt benne, hogy a Caesar déli vonulása mentén fekvő városok és települések összefognak majd a köztársaság védelmére, de ez a feltételezés hamarosan hamisnak bizonyult. Pompeius volt ekkor az egyedüli konzul, és bár egykor Caesar triumvir társa volt, most a szenátus és a köztársaság határozott védelmezője volt. A szenátusnak csak két légiója volt Itáliában – az a kettő, amelyet Caesar küldött -, és az északi támogatottság megingása megnehezítette az új csapatok felállítását. Pompeius sürgette szenátortársait, hogy ürítsék ki Rómát, és seregükkel vonuljanak vissza az Itáliai-félsziget sarkán fekvő Brundisiumba (a mai Brindisi). Amikor Caesar tehát elérte Rómát, a város megnyitotta előtte kapuit. Márciusra négy gall légiójával megerősödött, és előrenyomult Brundisium felé, de nem előbb, minthogy Pompeius és a szenátus elhagyta Itáliát, hogy Epirusban újraszerveződjön.
Mivel az egész Itáliai-félsziget most már a markában volt, Caesar megfigyelte, hogy míg Pompeius kis serege az Adriai-tengeren túl volt, hét lojális légió még mindig Hispániában állomásozott, bár hadvezér nélkül. Úgy döntött, hogy először a nagyobb sereget számolja fel, mielőtt azok megszervezhetnék magukat. Áprilisban rövid időre visszatért Rómába, ahol megkegyelmezett politikai ellenfeleinek, új szenátust állított fel, és legalább 14 légiót állított fel. Ezután Caesar egy jelentős helyőrséget hagyott Itáliában, majd egyesült néhány gall seregével Dél-Galliában, mielőtt átkelt volna Hispániába. Augusztusban Ilerdánál szétverte a lojálisokat, a következő hónapban pedig Córdobánál két légiót kényszerített megadásra. Amikor októberben visszatért Rómába, Caesart a szenátus diktátorrá kiáltotta ki, felruházva őt a legfőbb hatalommal és széleskörű rendkívüli hatalommal.
Az Epirusba való menekülésüket követő hét hónapban Pompeius és a lojális szenátorok félelmetes hadsereget gyűjtöttek össze. A bőséges keleti tartományok és a kliens királyságok kilenc légióra emelték a szenátus harci erejét a szárazföldön és egy 300 hajós flottára, amely uralta a tengert. Miután Dyrrhachiumban telelt, Pompeius le akarta rohanni Itáliát, és megmenteni a köztársaságot az önkényuralomtól, ahogyan mentora, Sulla tette több mint 30 évvel korábban. Caesar azt remélte, hogy ezt a tervet még a kezdet kezdetén megöli. A szenátus arra számított, hogy Caesar i. e. 48 tavaszán kel át az Adrián, amikor az időjárás melegebb, a szelek pedig erősebbek lesznek. Meglepődtek, amikor hét veterán légióval januárban Epirus partjainál találták. Négy, Marcus Antonius parancsnoksága alatt álló légiót az erős lojalista flotta megakadályozott az átkelésben, és kénytelenek voltak Brundisiumban telelni. Ez a kudarc azonban nem akadályozta Caesart. Végigsöpört a térségen, elfoglalta Apolloniát és Oricumot útközben Dyrrhachium felé. Ott erődítményeket épített a város köré, és hat hónapig blokád alá vette, ez idő alatt Antonius a négy brundisiumi légióval el tudta érni Caesart. Pompeius áttörte a blokádot, de nem tudta szétzúzni Caesar seregét.
Már augusztus volt. Caesar és légiói még mindig nem tántorodtak el, és éjszaka elosontak a táborukból. Ezután kelet felé vonultak. Pompeius üldözőbe vette őket, valószínűleg kényszer hatására; szenátortársai egyre nyugtalanabbak lettek, és gyors véget követeltek az immár több mint másfél éve tartó polgárháborúnak. Caesar úgy döntött, hogy átkel a Pindus-hegységen és Macedónia tartományba megy, ahol egy termékeny völgyet talált, ahol táplálékot adhatott csapatainak, amíg ellenségeire várt. Azt, hogy Pompeius pontosan hol táboroztatta le légióit ebben a völgyben – és ennek megfelelően az ezt követő csata nevét is -, a tudósok hevesen vitatják, és ezt a részletet az ókori beszámolók és a modern régészeti bizonyítékok közötti ellentmondások is bonyolítják. Egy régebbi elmélet szerint az Enipeus folyótól délkeletre, a Pharsalus (a mai Fársala) városával szomszédos lejtőn vert tábort, innen ered a csata hagyományos neve. Egy újabb, egyre nagyobb támogatottságot élvező elmélet szerint a folyótól északra, Palaepharsalus (“régi Pharsalus”, valószínűleg a mai Kríni) melletti lejtőn táborozott, ebben az esetben a csatát helyesen Palaepharsalus csatájának neveznénk. Mindazonáltal mindkét oldal tudósai egyetértenek abban, hogy Pompeius a Caesar táborától néhány mérföldre, a völgyben lévő lejtőn helyezte el a légióit, és hogy az Enipeus volt a meghatározó természetes tájékozódási pont.