追放されたオアンであるクロナは、創造の真実を求めて多元宇宙を旅し、破壊していく。 彼はマーベル・ユニバースに到着すると、グランドマスターは彼の宇宙を救うために、ゲームをすることを提案します。 もしクローナが勝てば、グランドマスターは彼をその宇宙で創造の現場を目撃した存在であるギャラクタスのもとへ導く。 もし負ければ、クローナはグランドマスターの宇宙を救わねばならない。 このゲームに参加するプレイヤーを選ぶ前に、クローナはチャンピオンの入れ替えを要求し、アベンジャーズ（グランドマスターの長年の敵）はクローナの代表として、ジャスティス・リーグ（クローナの故郷の宇宙）はグランドマスターのために戦うことになる。
グランドマスターはジャスティス・リーグに、自分たちの宇宙を救うには12のパワーアイテムを集めなければならないことを告げます（各宇宙から6つずつ）。 DCユニバースの6つのアイテムは、「運命の槍」、「永遠の書」、「ラーのオーブ」、「メデューサマスク」、「悪魔の三博士の鐘・壺・車輪」、カイル・レイナーの「グリーンランタンのパワーバッテリー」です。 マーベル・ユニバースからは、「アルティメット・ナリファイア」「アヴァロンの邪眼」「ワンド・オブ・ワトゥーム」「エンシェント・ウィンターズの棺」「コズミック・キューブ」「インフィニティ・ガントレット」の6点です。
ジャスティス・リーグはマーベル・ユニバースに旅立ち、アベンジャーズが地球の状況を改善しないことに（特にスーパーマンに）呆れる。例えば、フラッシュ（ウォーリー・ウェスト）は反ミュータントの暴徒から逃げる人間ではない姿のミュータントに出会い、フラッシュが暴徒から彼を保護する。 フラッシュがマグニートのアコライトの一員であることを確信した暴徒は、フラッシュも攻撃する。 フラッシュはまた、スピードフォース（自分の力の源）がこの宇宙には存在しないことを知る。 DCユニバースを訪れたアベンジャーズは、その地球の都市の「未来的」な建築と、ジャスティス・リーグや他の出身ヒーローがその功績によって受ける栄誉に驚く。 その結果、彼ら（主にキャプテン・アメリカ）はジャスティス・リーグが市民にヒーロー崇拝を要求するファシストであると確信する。
ジャスティス・リーグとアベンジャーズのメンバーは2つの宇宙を旅して、力の結晶を取り戻すために互いに戦うことになる。 コズミック・キューブをめぐる最後の戦いは、マーベル・ユニバースのサベージ・ランドで繰り広げられる。 一進一退の攻防の末、クイックシルバーがコズミック・キューブを手に入れる。 その時、クローナとグランドマスターが登場し、クローナは6対6のイーブンとコメントする。 しかし、この勝負の原因を探り、その本質と賭けに気づいたバットマンとキャプテン・アメリカがやってくる。 キャプテン・アメリカはわざと盾を投げ、クイックシルバーの手からキューブを奪い、バットマンがそれをキャッチするのを許した。 コズミックキューブのキャプテン-アメリカの没収と、グランドマスターは現在、最終スコアは7-5であると、勝者としてジャスティスリーグを発表します。 しかし、Kronaは敗北を受け入れることを望んでいない、と彼からギャラクタスのアイデンティティを強制的に、グランドマスターを攻撃している。 そして、ギャラクタスを召喚し、宇宙の起源について情報を引き出そうとする。 2800>
現実は変わり、ジャスティス・リーグとアベンジャーズは長年の同盟関係となり、定期的に世界を行き来して様々な脅威と戦うようになった。 さらに、長い間死んでいたJLAのメンバー、フラッシュ（バリー・アレン）とグリーン・ランタン（ハル・ジョーダン）が再び姿を現した。 しかし、宇宙同士は相容れず、人々が世界を入れ替わりながら、自滅し始める。 この副作用として、スーパーマンとキャプテン・アメリカは被害妄想、苛立ち、短気になり、感情が爆発して、起きていることすべてをお互いのせいにしてしまう（これは後に、両ヒーローが生まれ育った宇宙に強く同調しすぎていると説明される）。 妖精のクローナの出現は、主人公がコンテストの一部を覚えているのに役立ち、彼らは自分たちの世界に何が起こっているのかを見つけることができます。
クロナの攻撃で弱った主人公をグランドマスターの元へ案内したグランドマスターは、12のアイテムを使ってクロナを幽閉するために宇宙を一つにしたことを説明するが、クロナは宇宙を破壊するためにさらに合体し、自分が生き残れる新しいビッグバンを作り、その謎をついに解明しようと考えているのだ。 グランドマスターは死ぬ前に、集まったヒーローたちにクローナを止め、秩序を回復するように頼む。 キャプテン・アメリカの強い要望で、彼は別々の宇宙で起こった様々な出来事を明らかにし、自分たちがどのような世界のために戦っているのかをヒーローたちに示す。 バリー・アレンの死、ハル・ジョーダンの悪への転落、ビジョンとスカーレット・ウィッチの子供の死など、それぞれの宇宙で起きていた悲劇を目の当たりにするメンバーたち。 2800>
Kronaは、現実が変化し続ける中で、EternityとKismetのユニバーサルアバターを閉じ込めました。 彼はユニバースに知覚が存在することを発見し、彼らの精神を強制的に追い出し、その秘密を教えようとする。 両チームのヒーローは互いの違いを和解させ、クローナを阻止する計画を立てる。 キャプテン・アメリカは、ジャスティス・リーグやアベンジャーズのメンバーだったすべてのヒーローを率いて、クローナの異次元基地に侵入する。 基地は時空を超えて混乱し、ヒーローたちはこれまで戦ってきたすべてのヴィランと対峙することになるが、ヴィランたちはクローナに精神的に魅了されていた。 しかし、フラッシュがホークアイのために十分な時間をかけて彼の気をそらすと、クロナは最終的に敗北し、彼は両方の世界をマージしておくために使用したマシンに爆発的な矢印を発射し、その後フラッシュはパワーアイテムのかかる両方のヒーローは、以前の戦いで死んだと推定されている。 2800>
スペクターの助けにより地球は分離され、宇宙は元の状態に戻される。 両宇宙のヒーローたちは、それぞれの場所に戻りながら、自分たちが少なかろうが多かろうが、常に善戦を続けるヒーローであることを確認する。 クロナはJLA監視塔に格納されている宇宙の卵を形成するために崩壊している。卵が孵化したとき、クロナはその一部であることによって、その宇宙の創造の秘密を学ぶことができるとメトロンは述べています。 メトロンと新たに復活したグランドマスターは、メトロンがどのように意図的にクローナをマーベル・ユニバースに誘い込んだかを話し合う。 グランドマスターは、これは全ての側が勝利した初めてのゲームだと言う（グランドマスターはジャスティス・リーガーとアベンジャーズの戦いによって、ヒーローたちは彼らの宇宙を救うことによって、そしてクロナは最終的に彼が求めた答えを得ることによって）
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