Lo spionaggio in Giappone risale al principe Shōtoku (572-622). Secondo lo Shōninki, il primo uso aperto del ninjutsu durante una campagna militare fu nella guerra di Genpei, quando Minamoto no Kuro Yoshitsune scelse dei guerrieri per servire come shinobi durante una battaglia. Questo manoscritto continua dicendo che durante l’era Kenmu, Kusunoki Masashige usò spesso il ninjutsu. Secondo le note a piè di pagina in questo manoscritto, la guerra Genpei durò dal 1180 al 1185, e la Restaurazione Kenmu avvenne tra il 1333 e il 1336. Il Ninjutsu fu sviluppato dai samurai del periodo Nanboku-cho, e ulteriormente raffinato da gruppi di samurai provenienti principalmente da Kōka e dalla provincia di Iga del Giappone nei periodi successivi.
Nel corso della storia, gli shinobi erano assassini, esploratori e spie che venivano ingaggiati soprattutto dai signori territoriali conosciuti come daimyō. Pur essendo in grado di assassinare in modo furtivo, il ruolo primario era quello di spie ed esploratori. Gli shinobi sono principalmente noti per il loro uso della furtività e dell’inganno. Usavano questo per evitare il confronto diretto, se possibile, che permetteva loro di sfuggire a grandi gruppi di opposizione.
Molte scuole diverse (ryū) hanno insegnato le loro versioni uniche di ninjutsu. Un esempio di queste è il Togakure-ryū, che sostiene di essere stato sviluppato dopo che un guerriero samurai sconfitto chiamato Daisuke Togakure scappò nella regione di Iga. In seguito entrò in contatto con il monaco-guerriero Kain Doshi, che gli insegnò un nuovo modo di vedere la vita e i mezzi di sopravvivenza (ninjutsu).:18-21
Il ninjutsu fu sviluppato come una collezione di tecniche fondamentali di sopravvivenza nello stato di guerra del Giappone feudale. I ninja usavano la loro arte per assicurare la loro sopravvivenza in un periodo di violenti disordini politici. Il Ninjutsu includeva metodi di raccolta delle informazioni e tecniche di non rilevamento, evitamento e depistaggio. Il Ninjutsu comprendeva l’addestramento alla corsa libera, al travestimento, alla fuga, all’occultamento, al tiro con l’arco e alla medicina. Le abilità relative allo spionaggio e all’assassinio erano molto utili alle fazioni in guerra nel Giappone feudale. Ad un certo punto, le abilità di spionaggio divennero note collettivamente come ninjutsu, e le persone specializzate in questi compiti furono chiamate shinobi no mono.