Er zijn twee basistypen cellen in de algen, prokaryotische en eukaryotische. Prokaryote cellen missen membraangebonden organellen (plastiden, mitochondriën, kernen, Golgilichamen, en flagella) en komen voor in de cyanobacteriën. De rest van de algen is eukaryotisch en heeft organellen.
Celsamenstelling van Cyanobacteriën
Bacteriële cel: Een prokaryote
Eukaryotische cel is vaak omgeven door een celwand die bestaat uit poly-sacchariden die gedeeltelijk door het Golgi-lichaam worden geproduceerd en uitgescheiden. Het plasmamembraan (plasmalemma) omgeeft het resterende deel van de cel; dit membraan is een levende structuur die verantwoordelijk is voor het regelen van de in- en uitstroom van sub-stanties in het protoplasma. Voortbewegingsorganen, de flagellen, stuwen de cel door het medium voort door hun slagen. De flagellen zijn ingesloten in het plasmamembraan en hebben een specifiek aantal en oriëntatie van microbuisjes. De celkern, die het genetisch materiaal van de cel bevat, is omgeven door een dubbel membraan met poriën erin. De inhoud van de celkern bestaat uit een nucleolus, chromosomen, en het achtergrondmateriaal of karyolymfe. De chloroplasten hebben membraanzakjes, thylakoïden genaamd, die de lichtreacties van de fotosynthese uitvoeren. De thylakoïden zijn ingebed in het stroma waar de donkere reacties van de koolstoffixatie plaatsvinden. Het stroma bevat kleine 70S ribosomen, DNA, en in sommige gevallen het opslagproduct. Chloroplasten zijn omgeven door de twee membranen van het chloroplastenomhulsel. Soms hebben chloroplasten een dicht eiwitachtig gebied, de pyrenoïde, dat in verband wordt gebracht met de vorming van opslagproducten.
Dubbel-membraan-gebonden mitochondriën hebben 70S-ribosomen en DNA, en bevatten het ademhalingsapparaat. Het Golgi-lichaam bestaat uit een aantal op elkaar gestapelde membraanzakjes, cisternae genaamd. Het Golgi-lichaam functioneert bij de productie en secretie van polysacchariden. Het cytoplasma bevat ook grote 80S ribosomen en lipidenlichamen.