Georganiseerd gewapend verzet was de meest krachtige vorm van Joods verzet tegen het nazi-beleid in het door Duitsland bezette Europa. Joodse burgers boden gewapend verzet in meer dan 100 getto’s in bezet Polen en de Sovjet-Unie.
In april-mei 1943 kwamen Joden in het getto van Warschau gewapend in opstand na geruchten dat de Duitsers de resterende gettobewoners zouden deporteren naar het moordcentrum Treblinka. Toen Duitse SS- en politie-eenheden het getto binnenvielen, vielen leden van de Joodse Strijd Organisatie (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) en andere Joodse groepen de Duitse tanks aan met molotovcocktails, handgranaten en een handvol handvuurwapens. Hoewel de Duitsers, geschokt door de hevigheid van het verzet, binnen een paar dagen een einde maakten aan de grote gevechten, duurde het bijna een maand voordat de superieure Duitse troepen in staat waren om het getto volledig te pacificeren en vrijwel alle overgebleven inwoners te deporteren. Maandenlang na het einde van de opstand in het getto van Warschau bleven individuele Joodse verzetsstrijders zich verbergen in de ruïnes van het getto, waar SS- en politie-eenheden patrouilleerden om aanvallen op Duits personeel te voorkomen.
In hetzelfde jaar kwamen gettobewoners in opstand tegen de Duitsers in Vilna (Vilnius), Bialystok, en een aantal andere getto’s. Veel gettostrijders namen de wapens op in de wetenschap dat de meerderheid van de gettobewoners al gedeporteerd was naar de moordcentra; en ook in de wetenschap dat hun verzet zelfs nu niet de vernietiging kon voorkomen van de overgebleven Joden die niet konden vechten. Maar zij vochten omwille van de Joodse eer en om de slachting van zoveel Joden te wreken.
Duizenden jonge Joden verzetten zich door uit de getto’s naar de bossen te vluchten. Daar sloten zij zich aan bij Sovjet-partizaneneenheden of vormden afzonderlijke partizaneneenheden om de Duitse bezetters lastig te vallen.
Hoewel veel Joodse raadsleden (Judenrat) onder dwang met de Duitsers meewerkten totdat zij zelf werden gedeporteerd, weigerden sommigen, zoals Joodse raadsvoorzitter Moshe Jaffe in Minsk, gehoor te geven toen de Duitsers hem in juli 1942 opdroegen Joden over te dragen voor deportatie.
Joodse gevangenen kwamen in drie moordcentra in opstand tegen hun bewakers. In Treblinka in augustus 1943 en in Sobibor in oktober 1943 vielen gevangenen, gewapend met gestolen wapens, het SS-personeel en de door Trawniki getrainde hulpbewakers aan. De Duitsers en hun hulptroepen doodden de meeste opstandelingen, tijdens de opstand of later, nadat ze jacht hadden gemaakt op degenen die ontsnapt waren. Enkele tientallen gevangenen ontsnapten echter aan hun achtervolgers en overleefden de oorlog. In oktober 1944 sloegen leden van het Joodse Speciale Detachement (Sonderkommando) in Auschwitz-Birkenau aan het muiten tegen de SS bewakers. Bijna 250 van hen kwamen om tijdens de gevechten; de SS bewakers schoten er nog eens 200 dood nadat de muiterij was onderdrukt. Enkele dagen later identificeerde de SS vijf vrouwen, vier van hen Joods, die betrokken waren geweest bij het leveren van explosieven aan de leden van het Sonderkommando om een crematorium op te blazen. Alle vijf vrouwen werden gedood.
In veel landen die bezet waren door of geallieerd met de Duitsers, nam Joods verzet vaak de vorm aan van hulp en redding. Joodse autoriteiten in Palestina stuurden in 1944 clandestiene parachutisten, zoals Hannah Szenes, naar Hongarije en Slowakije om zoveel mogelijk hulp te bieden aan ondergedoken Joden. In Frankrijk verenigden verschillende elementen van de Joodse ondergrondse zich in verschillende verzetsgroepen, waaronder het Armée Juive (Joodse Leger), dat actief was in het zuiden van Frankrijk. Veel Joden vochten als leden van nationale verzetsbewegingen in België, Frankrijk, Italië, Polen, Joegoslavië, Griekenland en Slowakije.
Joden in de getto’s en kampen reageerden ook op de nazi-onderdrukking met verschillende vormen van geestelijk verzet. Zij ondernamen bewuste pogingen om de geschiedenis en het gemeenschapsleven van het Joodse volk in stand te houden, ondanks de pogingen van de nazi’s om de Joden uit te roeien uit het geheugen van de mensheid. Deze pogingen bestonden uit: het oprichten van Joodse culturele instellingen, het blijven vieren van religieuze feestdagen en rituelen, het geven van clandestien onderwijs, het publiceren van ondergrondse kranten, en het verzamelen en verbergen van documentatie, zoals in het geval van het Oneg Shabbat archief in Warschau, dat het verhaal zou vertellen van de Joden in het getto van Warschau, ondanks de vernietiging ervan in 1943.