Real-time kwantitatieve polymerase-chain-reactie (qPCR) is een standaard techniek in de meeste laboratoria die gebruikt wordt voor verschillende toepassingen in het fundamenteel onderzoek. Analyse van qPCR data is een cruciaal onderdeel van het gehele experiment, wat heeft geleid tot de ontwikkeling van een overvloed aan methoden. De vrijgegeven tools hebben betrekking op specifieke delen van de workflow of bieden complete analyse oplossingen.
Hiernaast hebben we 27 open-access software pakketten en tools voor de analyse van qPCR data onderzocht. Het onderzoek omvat 8 Microsoft Windows, 5 web-gebaseerde, 9 R-gebaseerde en 5 tools van andere platforms. De onderzochte pakketten en tools ondersteunen de analyse van verschillende qPCR toepassingen, zoals RNA kwantificering, DNA methylering, genotypering, identificatie van kopienummervariaties, en digitale PCR. We geven een overzicht van de functionaliteit, kenmerken en specifieke vereisten van de individuele software tools, zoals data-uitwisselingsformaten, beschikbaarheid van een grafische gebruikersinterface, opgenomen procedures voor grafische datapresentatie, en aangeboden statistische methoden. Daarnaast geven we een overzicht van kwantificeringsstrategieën, en rapporteren we verschillende toepassingen van qPCR.
Uit ons uitgebreide onderzoek is gebleken dat de meeste tools hun eigen bestandsformaat gebruiken en dat slechts een fractie van de momenteel bestaande tools het gestandaardiseerde data-uitwisselingsformaat RDML ondersteunt. Om een meer gestroomlijnde en vergelijkbare analyse van qPCR data mogelijk te maken, moeten meer leveranciers en tools het gestandaardiseerde formaat aanpassen om de uitwisseling van data tussen instrument software, analyse tools, en onderzoekers te bevorderen.