In de XVI eeuw gaf graaf Muzio Tuttavilla opdracht tot landwinningswerken in de vallei van de rivier de Sarno met het doel een kanaal te graven. Tijdens de opgravingen vond de architect Fontana enkele gebouwen met versierde muren in het gebied dat bekend staat als “Collina della Civita”. Deze vondst werd gedocumenteerd en daarbij gelaten, terwijl de werkzaamheden aan het kanaal werden voortgezet. De opgravingen in Pompeii begonnen opnieuw in 1748 onder het bewind van Karel van Bourbon, terwijl de opgravingen in Herculaneum al aan de gang waren en sensationele ontdekkingen aankondigden. De opgravingen in Pompeii waren een monumentale inspanning, met middelen die werden aangewend voor de grootste opgravingen die ooit werden verricht. Op enkele korte onderbrekingen na zijn ze tot op de dag van vandaag doorgegaan. Aangezien Herculaneum bedekt was door een modderlawine, vorderden de opgravingen in Pompeii beter omdat het veel moeilijker was de verharde deken van gestolde modder te verwijderen dan Pompeii uit te graven uit de lagen as en lapilli stenen.
De belangstelling voor het onderzoek in Pompeii kreeg een nieuwe impuls toen tussen 1806 en 1832 veel van de gebouwen rond het Forum en enkele van de prestigieuze huizen werden gevonden.
In 1860 werd Giuseppe Fiorelli benoemd tot directeur van de archeologische vindplaats in Pompeii en hij introduceerde voor het eerst een methode die ontdekking combineerde met het begrip conservering. Deze techniek werd toegepast op alle aan de gang zijnde opgravingen, die vanaf dat moment niet meer uitsluitend werden ingegeven door de wens om kostbare voorwerpen en belangrijke gebouwen te vinden.
Voor het eerst leidde de wens om een van de grootste steden uit de geschiedenis weer tot leven te wekken tot rationele en goed geplande opgravingen van huis tot huis. Een opgravingstechniek, waarbij de opgravingen begonnen op het niveau van het dak en zich laag voor laag naar beneden verplaatsten naar de vloer, werd ingevoerd om te voorkomen dat gebouwen naar buiten zouden storten op de eerder opgegraven wegen.
Een belangrijke fase van onderzoek volgde tussen 1875 en 1893 onder leiding van de architect Michele Ruggiero. Vele insulae werden blootgelegd, evenals talrijke huizen in de gebieden die bekend staan als “REGIO V”, “REGIO VIII” en “REGIO IX”, maar belangrijker was dat werd begonnen met de restauratie van de meer dan vijfhonderd frescoschilderingen die op de muren van de huizen werden aangetroffen.
De werkzaamheden maakten een delicate fase door onder leiding van Vittorio Spinazzola en de opgravingen die tussen 1910 en 1924 werden uitgevoerd, concentreerden zich op de zuidelijke delen van de stad. Het doel hiervan was het gehele traject van de hoofdweg, de Via dell’Abbondanza, bloot te leggen en de gevels van de gebouwen langs de weg, die het Amfitheater met het Forum verbindt, aan het licht te brengen. Dit veroorzaakte problemen bij het in bedwang houden van de gevels van de gebouwen, die nu onder druk stonden van de grote hoeveelheden as die zich erin bevonden.
Het feit dat onderzoekers voortdurend interessante voorwerpen vonden, betekende bovendien dat zij soms uit pure nieuwsgierigheid in de insulae begonnen te graven en deze vervolgens weer achterlieten. Zo vinden we vandaag verschillende huizen die slechts gedeeltelijk zijn opgegraven. Vervolgens kwam de archeoloog Amedeo Maiuri, die tussen 1924 en 1961 verantwoordelijk was voor de ontdekking van vele voorwerpen en vooral de auteur van talrijke studies en fundamentele interpretaties. Het is aan hem te danken dat vele belangrijke hoofdstukken zijn geschreven in het grote boek van de archeologie dat wij Pompeii noemen.
Giuseppe Spano, een figuur uit de academische wereld die als directeur van de archeologische opgravingen werkte tijdens het toezicht van Maiuri, was de auteur van vele werken die hebben bijgedragen tot het begrijpen van de geschiedenis van de nederzettingen rond de Vesuvius.
De huidige periode wordt niet alleen gekenmerkt door nieuwe ontdekkingen, maar ook door ernstige problemen met betrekking tot het behoud van wat in het verleden is gevonden (ongeacht de toestand van de nationale economie heeft de Italiaanse staat grote terughoudendheid getoond om in deze sector overheidsgeld uit te geven), en door de noodzaak om nieuwe hoofdstukken te openen in de geschiedenis van Pompeii in het kader van een interdisciplinaire aanpak.