Praktykujący stomatologię holistyczną lub biologiczną mogą się bardzo różnić pod względem technik i usług, które oferują. Podczas gdy wielu konwencjonalnych dentystów uznaje, że istnieją znaczące zasługi dla różnych prewencyjnych podejść do stomatologii, niektórzy z tych dentystów skrytykowali praktyki holistyczne za brak skuteczności podejścia i fałszywy marketing w swoich praktykach.
Ważna część krytyki stomatologii holistycznej jest związana z nieuzasadnionym stosowaniem pewnych usług i zabiegów, z których wiele albo zostało zbadanych i uznanych za nieskuteczne, albo nie zostało zbadanych na tyle, aby można je było uznać za bezpieczne i skuteczne w praktyce. Na przykład często zaleca się stosowanie środków ziołowych w postaci płynów do płukania ust i past do zębów w celu zapobiegania lub leczenia niektórych chorób zębów. Są to rzekomo bezpieczniejsze produkty, ponieważ są „naturalne”. Brakuje jednak badań naukowych, które wspierałyby takie leczenie, a w rzeczywistości stwierdzono, że środki ziołowe wpływają na bezpieczeństwo bardziej inwazyjnych lub długotrwałych zabiegów stomatologicznych i mogą prowadzić do dodatkowych komplikacji, jeśli wchodzą w interakcje z aktualnie przyjmowanymi przez pacjenta lekami. Jednakże, niektóre tradycyjne ziołowe techniki dentystyczne, takie jak stosowanie laski Miswak, okazały się mieć możliwą skuteczność. Jednak sfera ziołowej higieny jamy ustnej pozostaje w dużej mierze niezbadana i konieczne będą dalsze rygorystyczne oceny naukowe w celu określenia skuteczności różnych metod.
Niektórzy krytycy holistycznej praktyki stomatologicznej zauważają również, że opłaty pobierane przez takich praktyków są na ogół kilkakrotnie wyższe niż te pobierane przez dentystów głównego nurtu. Niektórzy twierdzą, że alternatywna stomatologia jest tylko wykorzystanie niszowych przekonań zdrowotnych i sztuczek, aby uzasadnić wyższe opłaty. Potencjalnym tego przykładem jest Cavitat, niezatwierdzone urządzenie ultradźwiękowe rzekomo zdolne do wykrywania rzekomych zmian chorobowych określanych jako „kawitacje” (patrz: wywołująca nerwobóle osteonekroza kawitacyjna), lub niepoparte dowodami wykorzystywanie aparatów oddechowych przez niektórych „biologicznych dentystów” podczas usuwania wypełnień amalgamatowych, mające na celu zmniejszenie toksyczności rtęci poprzez wyeliminowanie wdychanego materiału unoszącego się w powietrzu. Jednak inni twierdzą, że takie praktyki nie są reprezentatywne dla całej dziedziny stomatologii holistycznej.
.