Krona, um Oan exilado, viaja através do Multiverso e destrói universos em busca da verdade da criação. Quando ele chega ao Universo Maravilha, o Grande Mestre – querendo salvar o seu universo – propõe que eles joguem um jogo. Se Krona ganhar, o Grão-Mestre leva-o até Galactus, um ser naquele Universo que testemunhou a criação. Se ele perder, Krona tem de poupar o Universo do Grão-Mestre. Antes de escolher os jogadores para participar deste jogo, Krona exige a troca de campeões, por isso os Avengers (adversários de longa data do Grão-Mestre) irão representar Krona e a Liga da Justiça (do universo natal de Krona) irá lutar pelo Grão-Mestre. Isto significa que os Vingadores devem perder o jogo para salvar seu universo.
O Grande Mestre informa a Liga da Justiça que para salvar seu universo, eles têm que reunir 12 itens de poder – seis de cada universo – enquanto seu aliado Metron diz aos Vingadores que eles têm que fazer o mesmo para evitar que seu mundo seja destruído. Os seis itens do Universo DC são a Lança do Destino; o Livro da Eternidade; o Orbe de Ra; a Máscara Medusa; o Sino, o Jarro e a Roda dos Três Demônios; e a Bateria de Poder do Lanterna Verde de Kyle Rayner. Os seis itens do Universo Maravilhoso são o Nullifier Supremo; o Olho Maligno de Avalon; a Varinha de Espera; o Caixão dos Invernos Antigos; o Cubo Cósmico; e o Gatilho do Infinito.
A Liga da Justiça viaja para o Universo Maravilhoso e fica consternada (especialmente o Super-Homem) com o fracasso dos Vingadores em melhorar a condição da Terra; por exemplo, o Flash (Wally West) encontra um mutante não-humano fugindo de uma multidão anti-mutante e o Flash protege-o da multidão. Convencido de que o Flash é um membro do Magneto’s Acolytes, a máfia também o ataca. O Flash descobre também que a Speed Force (a fonte dos seus poderes) não existe neste universo. Quando os Vingadores visitam o Universo DC, ficam surpreendidos com a arquitectura “futurista” das suas cidades da Terra e com as honras que a Liga da Justiça e outros heróis nativos recebem pelos seus feitos. Como resultado, eles (principalmente o Capitão América) se convencem de que a Liga da Justiça são fascistas que exigem que os civis os adorem.
Vários membros da Liga da Justiça e Vingadores viajam pelos dois universos e lutam um contra o outro para recuperar os artefatos do poder. Uma batalha final pelo Cubo Cósmico tem lugar na Terra Selvagem do Universo Maravilhoso. Depois de uma batalha clímatica, de volta e volta, Quicksilver reivindica o Cubo Cósmico. Nesse momento, Krona e o Grande Mestre chegam ao local, com o último observando e comentando que o placar está mesmo nos 6-6. No entanto, Batman e o Capitão América – que juntos investigaram a causa da competição e descobriram a sua verdadeira natureza e a sua verdadeira aposta. O Capitão América lança o seu escudo de propósito e derruba o Cubo das mãos do Quicksilver, permitindo que o Batman o apanhe. Com a perda do Cubo Cósmico pelo Capitão América, o Grande Mestre anuncia agora a Liga da Justiça como os vencedores, com o resultado final agora a ser 7-5. Contudo, Krona não está disposta a aceitar a derrota e ataca o Grão-Mestre, forçando a identidade de Galactus a partir dele. Ele então convoca o Galactus e tenta extrair informações sobre a origem do universo. O Grande Mestre usa o poder dos artefactos e funde ambos os universos antes que Krona possa despedaçar Galactus.
A realidade é alterada de tal forma que a Liga da Justiça e os Vingadores são agora aliados de longa data, viajando regularmente entre mundos para combater várias ameaças. Além disso, os membros há muito mortos da JLA, o Flash (Barry Allen) e o Lanterna Verde (Hal Jordan), reapareceram. Mas os universos são incompatíveis uns com os outros e começam a destruir-se uns aos outros, com as pessoas a alternar entre mundos. Um efeito colateral disso é que o Super-Homem e o Capitão América se tornam paranóicos, irritáveis e de mau humor; suas emoções se inflamam ao ponto de culparem um ao outro por tudo o que está acontecendo (isso é explicado mais tarde, pois ambos os heróis estão fortemente sincronizados com seus universos nativos). O aparecimento de uma Krona espectral ajuda os heróis a lembrarem-se de parte do concurso e a descobrirem o que está a acontecer aos seus mundos. O Fantasma Estranho parece levar os heróis ao Grande Mestre.
Abancado pelo ataque de Krona, o Grande Mestre explica como ele juntou os universos para aprisionar Krona usando os 12 itens, mas Krona está fundindo os universos ainda mais para destruí-los, esperando criar um novo Big Bang, que ele pode sobreviver e finalmente aprender seus mistérios. Antes de morrer, o Grande Mestre pede aos heróis reunidos que parem Krona e restaurem a ordem. Por insistência do Capitão América, ele revela vários eventos que aconteceram nos universos separados para mostrar aos heróis que tipos de mundos estão lutando por eles. Cada membro da equipe testemunha as tragédias que lhes aconteceram em seus universos separados, como a morte de Barry Allen, a descida de Hal Jordan ao mal e a perda da Visão e dos filhos da Bruxa Escarlate. Alguns dos heróis contemplam deixar os universos como estão para evitar que as tragédias aconteçam, mas Hal Jordan inspira a todos a trabalhar para o bem de seus mundos.
Krona prendeu os avatares universais da Eternidade e do Kismet enquanto a realidade continua a mudar. Ele descobriu que existe um sentimento nos universos e pretende forçar seus espíritos a sair, dando-lhe seus segredos. Ambas as equipas de heróis reconciliam as suas diferenças entre si e fazem planos para deter Krona. Invadindo a base interdimensional de Krona, o Capitão América lidera todos os heróis que já foram membros da Liga da Justiça ou dos Vingadores. O caos crônico na base faz com que uma lista sempre mutável de heróis enfrente todos os vilões que as equipes já lutaram com os vilões que foram mentalmente encantados por Krona. Embora o caos e as forças contra eles (tanto de Krona como dos vilões convocados) causem a queda dos heróis um a um pelo caminho, Krona acaba por ser derrotado quando o Flash o distrai o tempo suficiente para o Gavião atirar uma flecha explosiva na máquina que ele usou para manter ambos os mundos fundidos, após o que o Flash leva os itens de poder – ambos os heróis tendo sido anteriormente presumivelmente mortos em batalha. Krona é então sugada para o vórtice formador.
As Terras são separadas com ajuda do Espectro (que neste momento é Hal Jordan, agora restaurado ao seu estado actual) e os universos são devolvidos aos seus estados normais. À medida que os heróis de ambos os universos retornam aos seus devidos lugares, eles afirmam que quer façam muito pouco ou muito, eles ainda são heróis que sempre lutarão a boa luta. Krona implodiu para formar um ovo cósmico, que é armazenado na Torre de Vigia da JLA; Metron afirma que quando o ovo chocar, Krona aprenderá os segredos da criação do seu universo, fazendo parte dele. Metron e o Grão-Mestre recentemente ressuscitado discutem como Metron intencionalmente atraiu Krona para o Universo Maravilhoso. O Grão-Mestre diz que este é o primeiro jogo que ele já jogou onde todos os lados ganharam (o Grão-Mestre, através da batalha entre os Justice Leaguers e os Avengers, os heróis salvando os seus universos, e Krona ganhando eventualmente as respostas que ele procurou).