Când Alexandru a împlinit treisprezece ani, Filip, care până atunci nu se implicase prea mult în educația fiului său, a decis să aleagă un tutore pentru el. Rezultatul avea să devină una dintre cele mai faimoase relații mentori-elevi din istorie. Motivele pentru care Filip l-a ales pe Aristotel nu au fost pur academice. În primul rând, existau legăturile de familie ale lui Aristotel: tatăl său fusese medicul de curte al unui rege macedonean anterior. Mai mult, Aristotel servise anterior la curtea lui Hermeias din Atarneus, iar o alianță acolo ar fi fost utilă pentru planurile lui Filip de a invadaPersia.
Postura i se potrivea și lui Aristotel. Nu numai că oferea o mare onoare și șansa de a-și continua cercetările sub conducerea celui mai puternic dintre statele grecești, dar îi oferea și ocazia de a influența dezvoltarea viitorului conducător al acelui stat. Ca plată finală, Filip a restaurat, de asemenea, orașul natal al lui Aristotel, Stagira, pe care el însuși îl cucerise cu ani în urmă.
Educația lui Alexandru a avut loc într-un cadru îndepărtat de capitala Pella, în satul mai izolat Mieza, în cadrul așa-numitei Incinte a Nimfelor. În această izolare rurală, Alexandru a fost însoțit de câțiva dintre cei mai notabili colegi ai săi, unii dintre ei viitori regi. La plecarea lui Alexandru, Filip și-a îndemnat fiul să muncească din greu și să învețe să nu repete greșelile tatălui său. Ca răspuns, Alexandru i-a reproșat tatălui său că a avut copii cu alte femei. În această privință, Alexandru pare să fi fost tulburat nu atât de mult de vreo remușcare morală,ci mai degrabă îngrijorat de viitoarele conflicte privind succesiunea la tronul tatălui său. Prin urmare, ambiția lui Alexandru era evidentă încă din acest stadiu, dacă nu mai devreme.
Educația lui Alexandru a fost în mare parte formală, nu genul de pregătire pentru viață pe care am putea să o imaginăm într-o relație de mentor. Mai degrabă,programa școlară a constat în principal din materii standard, cum ar fi poezia,retorica, geometria, astronomia și eristica – practica de a argumenta un punct de vedere din ambele părți. Alexandru a dezvoltat un interes deosebit pentru medicină – și nu doar un interes teoretic, pentru că, de-a lungul vieții sale, a prescris tratamente pentru prietenii bolnavi. Când Alexandru a pornit în invazia sa asiatică, a adus cu el un mare grup de zoologi și botaniști, care s-au întors cu materiale și informații care vor sta la baza a numeroase lucrări științifice revoluționare. Un alt subiect preferat al lui Alexandru a fost poezia greacă. Avea o venerație deosebit de puternică pentru Homer și chiar îl vedea pe miticul Ahile ca pe un model pe care să-l urmeze în propria viață.
Deși poate cel mai bine cunoscut pentru tratatele sale științifice, Aristotel a publicat și Etica și Politica, iar influența sa în aceste domenii a ajuns și la Alexandru. Aristotel și-a afirmat această influență în special în ceea ce privește așa numiții barbari – un termen care a fost folosit pentru a caracteriza în esență pe toți cei care nu sunt greci. Alexandru însuși era deja pasionat de antipersani;iar Aristotel i-a oferit justificările intelectuale pentru misiunea sa predestinată și moștenită. Aristotel credea că sclavia era o instituție naturală și că barbarii erau prin natura lor meniți să fie sclavi. Prin urmare, el l-a încurajat pe Alexandru să fie un lider pentru greci și un despot pentru barbari, tratându-i pe primii ca pe niște prieteniși pe cei din urmă ca pe niște fiare.
Aristotel îi vedea pe barbari ca trăind doar prin și pentru simțuri, incapabili să se ridice deasupra hedonismului. Alexandru, în dorința sa de a urma o paradigmă eroică, a acordat în mod firesc o mare valoare onoarei și, odată cu ea, virtuților autocontrolului și abnegației.De aceea, în viața sa, a mâncat cu moderație, a dăruit cu generozitate, păstrând puțin pentru sine, și a avut o atitudine precaută față de sex.În aceste privințe, influența lui Aristotel a fost probabil esențială,pentru că l-a împins pe Alexandru pe o cale care s-a îndepărtat mult de modelul mai precar stabilit de tatăl său.
Alexandru a petrecut trei ani studiind cu marele filozof. Între timp, tatăl său mobiliza trupe pentru a face o vizită la aliații neascultători din Perinthus și Bizanț. În 340 î.e.n., Filip l-a chemat pe Alexandru, în vârstă de șaisprezece ani, să se întoarcă și să servească ca regent alMacedoniei și maestru al sigiliului regal în absența lui Filip. AstfelAlexandru avea să se retragă din Academie și să înceapă lecțiile responsabilităților din viața reală.
.