Reacția cantitativă în lanț a polimerazei (qPCR) în timp real este o tehnică standard în majoritatea laboratoarelor, utilizată pentru diverse aplicații în cercetarea fundamentală. Analiza datelor qPCR este o parte crucială a întregului experiment, ceea ce a dus la dezvoltarea unei pleiade de metode. Instrumentele lansate fie acoperă părți specifice ale fluxului de lucru, fie oferă soluții complete de analiză.
Aici, am analizat 27 de pachete software cu acces liber și instrumente pentru analiza datelor qPCR. Sondajul include 8 Microsoft Windows, 5 bazate pe web, 9 bazate pe R și 5 instrumente de pe alte platforme. Pachetele și instrumentele analizate sprijină analiza diferitelor aplicații qPCR, cum ar fi cuantificarea ARN-ului, metilarea ADN-ului, genotiparea, identificarea variațiilor numărului de copii și PCR digitală. Raportăm o prezentare generală a funcționalității, a caracteristicilor și a cerințelor specifice ale instrumentelor software individuale, cum ar fi formatele de schimb de date, disponibilitatea unei interfețe grafice cu utilizatorul, procedurile incluse pentru prezentarea grafică a datelor și metodele statistice oferite. În plus, oferim o imagine de ansamblu asupra strategiilor de cuantificare și raportăm diverse aplicații ale qPCR.
Studiul nostru cuprinzător a arătat că majoritatea instrumentelor utilizează propriul format de fișier și doar o mică parte din instrumentele existente în prezent acceptă formatul standardizat de schimb de date RDML. Pentru a permite o analiză mai raționalizată și comparabilă a datelor qPCR, mai mulți vânzători și instrumente trebuie să adapteze formatul standardizat pentru a încuraja schimbul de date între software-ul instrumentului, instrumentele de analiză și cercetători.
.