Rezistența armată organizată a fost cea mai puternică formă de opoziție evreiască față de politicile naziste în Europa ocupată de germani. Civilii evrei au oferit rezistență armată în peste 100 de ghetouri din Polonia ocupată și din Uniunea Sovietică.
În aprilie-mai 1943, evreii din ghetoul din Varșovia s-au revoltat în mod armat, după ce au apărut zvonuri că germanii îi vor deporta pe locuitorii rămași în ghetou la centrul de exterminare Treblinka. Pe măsură ce unitățile germane SS și de poliție au intrat în ghetou, membrii Organizației Evreiești Luptătoare (Zydowska Organizacja Bojowa; ZOB) și alte grupuri evreiești au atacat tancurile germane cu cocteiluri Molotov, grenade de mână și o mână de arme de calibru mic. Deși germanii, șocați de ferocitatea rezistenței, au reușit să pună capăt luptelor majore în câteva zile, a fost nevoie de aproape o lună pentru ca forțele germane, net superioare, să reușească să pacifice complet ghetoul și să deporteze practic toți locuitorii rămași. Timp de luni de zile după încheierea revoltei din ghetoul din Varșovia, rezistenți evrei individuali au continuat să se ascundă în ruinele ghetoului, pe care unități SS și de poliție le patrulau pentru a preveni atacurile asupra personalului german.
În cursul aceluiași an, locuitorii ghetourilor s-au ridicat împotriva germanilor în Vilna (Vilnius), Bialystok și o serie de alte ghetouri. Mulți luptători din ghetouri au luat armele știind că majoritatea locuitorilor ghetourilor fuseseră deja deportați în centrele de exterminare; și, de asemenea, știind că rezistența lor, chiar și acum, nu-i putea salva de la distrugere pe evreii rămași care nu puteau lupta. Dar au luptat de dragul onoarei evreiești și pentru a răzbuna măcelărirea atâtor evrei.
Mii de tineri evrei au rezistat fugind din ghetouri în păduri. Acolo s-au alăturat unităților de partizani sovietici sau au format unități separate de partizani pentru a-i hărțui pe ocupanții germani.
Deși mulți membri ai consiliului evreiesc (Judenrat) au cooperat sub constrângere cu germanii până când au fost ei înșiși deportați, unii, cum ar fi președintele consiliului evreiesc Moshe Jaffe din Minsk, au rezistat refuzând să se supună atunci când germanii i-au ordonat să predea evreii pentru deportare în iulie 1942.
Deținuții evrei s-au ridicat împotriva gardienilor lor în trei centre de exterminare. La Treblinka în august 1943 și la Sobibor în octombrie 1943, prizonierii înarmați cu arme furate au atacat personalul SS și gărzile auxiliare antrenate de Trawniki. Germanii și auxiliarii lor i-au ucis pe cei mai mulți dintre rebeli, fie în timpul revoltei, fie mai târziu, după ce i-au vânat pe cei care au evadat. Cu toate acestea, câteva zeci de prizonieri au scăpat de urmăritorii lor și au supraviețuit războiului. În octombrie 1944, la Auschwitz-Birkenau, membrii Detașamentului Special Evreiesc (Sonderkommando) s-au răzvrătit împotriva gărzilor SS. Aproape 250 au murit în timpul luptelor; gărzile SS au împușcat alți 200 după ce reprimarea revoltei a fost înăbușită. Câteva zile mai târziu, SS a identificat cinci femei, dintre care patru evreice, care fuseseră implicate în aprovizionarea membrilor Sonderkommando cu explozibili pentru a arunca în aer un crematoriu. Toate cele cinci femei au fost ucise.
În multe țări ocupate de germani sau aliate cu aceștia, rezistența evreiască a luat adesea forma de ajutor și salvare. Autoritățile evreiești din Palestina au trimis parașutiști clandestini, cum ar fi Hannah Szenes, în Ungaria și Slovacia în 1944, pentru a oferi tot ajutorul pe care îl puteau oferi evreilor care se ascundeau. În Franța, diverse elemente ale rezistenței evreiești s-au consolidat pentru a forma diferite grupuri de rezistență, inclusiv Armée Juive (Armata Evreiască), care a acționat în sudul Franței. Mulți evrei au luptat ca membri ai mișcărilor naționale de rezistență din Belgia, Franța, Italia, Polonia, Iugoslavia, Grecia și Slovacia.
Evreii din ghetouri și lagăre au răspuns, de asemenea, la opresiunea nazistă prin diverse forme de rezistență spirituală. Ei au făcut încercări conștiente de a păstra istoria și viața comunitară a poporului evreu, în ciuda eforturilor naziștilor de a-i eradica pe evrei din memoria umană. Aceste eforturi au inclus: crearea de instituții culturale evreiești, continuarea observării sărbătorilor și ritualurilor religioase, asigurarea unei educații clandestine, publicarea de ziare clandestine și colectarea și ascunderea de documente, ca în cazul arhivei Oneg Shabbat din Varșovia, care va spune povestea evreilor din ghetoul din Varșovia, în ciuda distrugerii acesteia în 1943.
.