Kondemnering av Seneca-markRedigera
Byggandet av dammen dömde ut 10 000 acres (4 000 ha) av Allegany-reservatet, nästan en tredjedel av dess territorium, som hade tilldelats Seneca-nationen i fördraget i Canandaigua, undertecknat av president Washington. Detta resulterade i förlusten av betydande bördiga jordbruksmarker och i att 600 Seneca-medlemmar fördrevs och tvångsförflyttades från sina samhällen inom reservatet. Med hänvisning till det omedelbara behovet av översvämningskontroll avslog president John F. Kennedy 1961 en begäran från Seneca om att stoppa byggandet.
Efter flytten skedde stora förändringar i de förflyttade personernas levnadssätt. Fram till mitten av 1900-talet hade många medlemmar av Seneca-stammen, särskilt de i översvämningsområdet, levt helt enkelt enligt traditionella metoder, utan moderna bekvämligheter som elektricitet. Två områden för omlokalisering av bostäder byggdes, Jimersontown och ett område söder om Steamburg, som båda innehöll moderna bekvämligheter. Den påtvingade moderniseringen är en källa till den fortfarande sjudande förbittring som Seneca har mot dammen.
Det är dessutom så att Seneca förlorade ett överklagande 1964 om den relaterade flytten av en fyrfilig motorväg genom den återstående delen av Allegany-reservatet. Det ledde till att de förlorade mer mark till motorvägen, som delar reservatets territorium. (Reservatet fick tillåtelse att återta mark runt den gamla motorvägen som den interstate ersatte).
I Pennsylvania dömde regeringen också ut större delen av det historiska Cornplanter Tract, en upplåtelse som delstatens lagstiftare gjorde till Cornplanter efter revolutionskriget till honom och hans arvingar ”för evigt”. Området omfattade en historisk kyrkogård med kvarlevorna av Cornplanter och 300 ättlingar och anhängare, samt ett statligt minnesmonument som uppfördes 1866. Seneca kallade kyrkogården för sitt ”Arlington” med hänvisning till den nationella kyrkogården nära Washington DC.
Staten grävde upp och återbegravde Senecas kvarlevor på en ny kyrkogård, belägen väster om staden Bradford i norra mitten av Pennsylvania, cirka 100 meter från delstatsgränsen till New York. ”Kyrkogården innehåller också kvarlevor av vita invånare i Corydon, en stad som översvämmades av reservoaren. År 2009 sade dock Seneca-observatörer och vita att det fanns en erosion av bluffen där kyrkogården låg. De vädjade till staten eller ingenjörskåren att skydda området. Andra kvarlevor begravdes på nytt på en kyrkogård i Steamburg.
Cornplanters sista direkta arvinge och barnbarnsbarn, Jesse Cornplanter, en konstnär, hade dött utan barn 1957. På 1960-talet hade Cornplanters indirekta ättlingar redan flyttat till Salamanca, New York, nära den nya Alleghenyreservoarens norra strand.
Kondemnering av Corydon, Kinzua, Quaker Bridge och Red HouseRedigera
Byggandet av dammen och fyllningen av Alleghenyreservoaren krävde kondemnering av flera städer och samhällen i reservoarens flodslätt. Två townships, Kinzua i Pennsylvania och Elko (Quaker Bridge) i New York, upplöste sina bolagiseringar, medan Warren County-delen av Corydon likaså införlivades. Andra, till exempel McKean County-delen av Corydon i Pennsylvania och Onoville i New York, behöll sitt styre men förlorade en stor del av sin befolkning när samhällenas kärnor översvämmades. Alla invånare tvingades ut genom att regeringen använde sig av expropriation och var tvungna att flytta.
Red House, New York, påverkades också indirekt av förändringarna. Även om staden inte översvämmades direkt, så översvämmade dammens första stresstest 1967 New York State Route 17 väster om Red House, och en ny motorväg, Southern Tier Expressway, skulle behöva byggas. Motorvägens sträckning gick nästan direkt genom Red Houses befolkningscentrum, vilket i kombination med dammen och utvidgningen av Allegany State Park föranledde staten och Army Corps of Engineers att tvångsförklara större delen av staden. Några av stadens invånare köpte tomter i det som då var byn Baystate, som låg i staden en mil söder om motorvägen, och lyckades omintetgöra försöken att tvångsupplösa staden när Allegany State Park 1973 föreslog en ny utbyggnad. Red House (38 invånare 2010) har behållit sin inkorporering, och några få kvarvarande familjer har fortfarande kvar sina egendomar. Som förberedelse för utflyttningen stängdes postkontoren i Onoville, Quaker Bridge och Red House sommaren 1964, vilket ledde till att postnumren för dessa städer aldrig användes officiellt.
För att delvis kompensera för förlusten av samhällena avsatte regeringen 305 tunnland mark för återetablering av Seneca uppströms i två samhällen i New York: Steamburg (160 en tunnlandstomter söder om den befintliga byn med samma namn) och Jimerson Town (145 en tunnlandstomter väster om staden Salamanca, nära det dåvarande samhället Shongo). Jimerson Town har utsetts till en av de två huvudstäderna i Seneca-nationen.
Dammprojektet tvingade också fram en förflyttning av Camp Olmsted, som ägdes av Chief Cornplanter Council of the Boy Scouts of America. Lägret hade legat på botten av Allegheny-floden, men dammbygget tvingade det att flyttas uppför bergssluttningen.