John Elder, en talesman för polisen, sade att den döde mannens skador fick polisen att tro att hans död var kopplad till att Lee anlade branden.
En taleskvinna för den amerikanska åklagarmyndigheten sade att myndigheten fortsatte att undersöka om upptäckten av kroppen skulle leda till ytterligare anklagelser mot Mr Lee.
Ett telefonsamtal som lämnades till en advokat för Mr. Lee, 25, på tisdagen besvarades inte omedelbart.
Minneapolis brandkår, Minnesota State Fire Marshal Division och den federala byrån för alkohol, tobak, skjutvapen och sprängämnen hjälpte Minneapolis polismyndighet att genomsöka byggnaden där kroppen hittades.
Oroligheter utbröt i städer runt om i landet, inklusive Minneapolis, under dagarna efter Floyds död den 25 maj, vilket överväldigade lokala tjänstemän och räddningspersonal. Bränder härjade i delar av staden, särskilt runt East Lake Street, när frustrationer flödade över vid sidan av fredliga protester.
Sedan juni har Bureau of Alcohol, Tobacco, Firearms and Explosives samarbetat med de lokala och statliga myndigheterna i St. Paul och Minneapolis och undersökt över 150 bränder som inträffat i tvillingstäderna, sa en taleskvinna.