Under 1500-talet lät greve Muzio Tuttavilla utföra arbeten i Sarno-flodens dalgång i syfte att gräva en kanal. Under utgrävningarna fann arkitekten Fontana några byggnader med dekorerade väggar i det område som kallas ”Collina della Civita”. Detta fynd dokumenterades och lämnades därhän, och arbetena med kanalen fortsatte. Utgrävningarna i Pompeji inleddes på nytt 1748 under Karl av Bourbon, medan de utgrävningar som redan pågick i Herculaneum förkunnade sensationella upptäckter. Utgrävningarna i Pompeji var en monumental insats, med resurser som kanaliserades till det största utgrävningsarbete som någonsin genomförts. Med några korta avbrott har det fortsatt fram till i dag. Eftersom Herculaneum var täckt av ett gyttjeläge gick utgrävningsarbetet bättre i Pompeji eftersom det var mycket svårare att avlägsna det härdade täcket av stelnad lera än att gräva fram Pompeji ur lagren av aska och lapilli-stenar.
Interesset för forskningen i Pompeji fick ny kraft när många av byggnaderna kring Forum och några av de prestigefyllda husen hittades mellan 1806 och 1832.
År 1860 utsågs Giuseppe Fiorelli till chef för den arkeologiska platsen i Pompeji och han introducerade för första gången en metodik som kombinerade upptäckt med begreppet bevarande. Denna teknik tillämpades på alla pågående utgrävningar, som från och med nu inte längre var enträget inspirerade av den enda önskan att hitta värdefulla föremål och viktiga byggnader.
För första gången ledde önskan att återuppliva en av historiens största städer till liv igen till rationella och välplanerade hus-till-hus-utgrävningar. En grävningsteknik, där utgrävningarna började på taknivå och rörde sig ner mot golvet lager för lager, infördes för att förhindra att byggnaderna kollapsade utåt på de tidigare utgrävda vägarna.
En viktig forskningsfas följde mellan 1875 och 1893 under ledning av arkitekten Michele Ruggiero. Många insulae upptäcktes liksom många hus i de områden som kallas ”REGIO V”, ”REGIO VIII” och ”REGIO IX”, men framför allt påbörjades restaureringen av över femhundra freskomålningar som hittades på husväggarna.
Arbetena genomgick en känslig fas under ledning av Vittorio Spinazzola och de utgrävningar som utfördes mellan 1910 och 1924 inriktades på stadens södra delar. Syftet var att gräva fram hela sträckan av huvudvägen, Via dell’Abbondanza, och få fram fasaderna på de byggnader som låg längs vägen och som förenade amfiteatern med Forum. Detta orsakade problem när det gällde att hålla fasaderna på byggnaderna, eftersom de nu stod under tryck från de stora mängder aska som fanns inuti dem.
Det faktum att forskarna hela tiden hittade intressanta föremål innebar dessutom att de ibland började gräva i insulorna av ren nyfikenhet för att sedan överge dem. Därför hittar vi idag flera hus som bara delvis har grävts ut. Sedan kom arkeologen Amedeo Maiuri som var ansvarig för upptäckten av många föremål mellan 1924 och 1961 och framför allt författare till många studier och grundläggande tolkningar. Det är tack vare honom som många viktiga kapitel har skrivits i den stora arkeologiska bok som vi kallar Pompeji.
Giuseppe Spano, en person från den akademiska världen som arbetade som chef för de arkeologiska utgrävningarna under Maiuris överinseende, var författare till många arbeten som har hjälpt till att förstå historien om bosättningarna runt Vesuvius.
Den samtida perioden har kännetecknats inte bara av nya upptäckter, utan också av allvarliga problem när det gäller bevarandet av det som hittats i det förflutna (oavsett tillståndet i den nationella ekonomin har den italienska staten visat stor motvilja mot att spendera offentliga medel i denna sektor ), och av behovet av att öppna nya kapitel i Pompejis historia som en del av ett tvärvetenskapligt tillvägagångssätt.