Kvantitativ polymerasekedjereaktion (qPCR) i realtid är en standardteknik i de flesta laboratorier som används för olika tillämpningar inom grundforskning. Analys av qPCR-data är en avgörande del av hela experimentet, vilket har lett till utveckling av en uppsjö av metoder. De släppta verktygen täcker antingen specifika delar av arbetsflödet eller tillhandahåller kompletta analyslösningar.
Här undersökte vi 27 programvarupaket och verktyg med öppen tillgång för analys av qPCR-data. Undersökningen omfattar 8 Microsoft Windows-, 5 webbaserade, 9 R-baserade och 5 verktyg från andra plattformar. De granskade paketen och verktygen stöder analysen av olika qPCR-tillämpningar, t.ex. kvantifiering av RNA, DNA-metylering, genotypning, identifiering av variationer i antalet kopior och digital PCR. Vi ger en översikt över de enskilda programvaruverktygens funktionalitet, egenskaper och särskilda krav, t.ex. format för datautbyte, tillgång till ett grafiskt användargränssnitt, inkluderade förfaranden för grafisk datapresentation och erbjudna statistiska metoder. Dessutom ger vi en översikt över kvantifieringsstrategier och rapporterar olika tillämpningar av qPCR.
Vår omfattande undersökning visade att de flesta verktygen använder sitt eget filformat och att endast en bråkdel av de för närvarande existerande verktygen stöder det standardiserade datautbytesformatet RDML. För att möjliggöra en mer strömlinjeformad och jämförbar analys av qPCR-data måste fler leverantörer och verktyg anpassa det standardiserade formatet för att uppmuntra utbyte av data mellan instrumentprogramvara, analysverktyg och forskare.