Från Maine till Georgia var Appalacherna en gång i tiden nästan helt täckta av skog. I dag frodas fortfarande några av de bästa och mest omfattande lövskogarna i världen i Appalacherna och angränsande områden, särskilt i södra Appalacherna. I norr finns barrträden (rödgran och balsamgran, som växer på de högsta höjderna och som utmärker skogarna i Kanada och Maine) och de nordliga lövträden (sockerlönn, bockrot, bok, ask, björk, röd- och vitek). Längre söderut finns hickory, poppel, valnöt, sykomor och en gång i tiden de viktiga och – innan de förstördes av röksjuka – rikliga kastanjerna. Alla dessa, plus andra av de 140 trädslagen i Appalacherna, finns i den södra bergsregionen. På höga höjder växer representanter för den kanadensiska skogen, medan de västra sluttningarna av Great Smokies, med sina rikliga regnmängder, producerar träd som har nått rekordhöga höjder och diametrar. Bland dessa finns tulpanträd (gul poppel), buckeye, östlig (kanadensisk) hemlock och kastanjeek.
Det ömsesidigt beroende system av sydlig växtlighet som kallas ”Appalachernas skog” är mycket komplext. Det utgör en av jordens stora blomsterprovinser. Där finns de träd som bär en frodig blomning, såsom servitris, rödknopp, hagtorn, tulpanträd, kornell, johannesört, sursträfse och många andra. Bland de många buskarna med särskilt prunkande blommor finns rhododendron, azalea och bergslaurira. Vissa toppar i södra Appalacherna kallas heath bald – öppna ängar eller gräsmarker som genomsyrats av tjocka ljungväxter. Roan Mountain i Unakas i North Carolina-Tennessee är en av de mest omfattande av dessa, med cirka 1 200 hektar naturliga trädgårdar med levande rosor och rosa och lila rhododendron över den höga toppen och nerför sluttningarna. Man uppskattar att av cirka 2 000 arter av Appalachernas flora är kanske 200 inhemska och helt begränsade till de södra Appalacherna. Ormbunkar, mossor och svampar av många arter är också en del av det komplexa växtlivet i Appalacherna.
Bison, älg och varg, som en gång var vanliga i Appalacherna, försvann för länge sedan, även om älg senare har återvänt till de norra bergen; karibun och älg finns fortfarande i de nordligaste delarna av regionen. I andra områden finns svartbjörn, vitsvanshjort, vildsvin, räv, tvättbjörn, bäver och många andra smådjur. Alla områden i Appalacherna, från Gaspéhalvön till Georgia, har ett rikt fågelliv. Enbart i Great Smoky Mountains har man registrerat omkring 200 olika arter av vildfåglar och sångfåglar.