Misionářští kněží poprvé sloužili mši ve Franklinu v roce 1821 v soukromém domě pro dvě místní katolické rodiny. Nashvillská diecéze plánovala katolický kostel v okrese Williamson již v roce 1843, ale teprve příliv irských katolických železničních dělníků po občanské válce podnítil snahu o založení katolického kostela svatého Filipa v roce 1871. Dělníci na místě ručně tvarovali a vypalovali cihly a sami prováděli veškeré stavební práce. Farář otec John Nolan byl talentovaný řezbář, který v 90. letech 19. století vyzdobil kostel i faru vlastními řezbami. V roce 1921, při zlatém jubileu, věnovali potomci mnoha zakladatelů kostela vitráže. Růst v 70. letech 20. století si vyžádal řadu budov, které vidíte dnes a které zahrnují čtyři samostatné svatyně, všechny postavené v letech 1976-1997. Hlavní svatyně dnes vznikla z bývalé banky na Hlavní ulici u 1. avenue a původní budova slouží jako kaple. Před vznikem kostela vlastnil nemovitost John Eaton, franklinský právník, americký senátor a ministr války za prezidenta Andrewa Jacksona. Eaton a jeho žena Peggy se zapletli do skandálu, který málem způsobil pád Jacksonovy vlády.