Los sacerdotes misioneros celebraron por primera vez la misa en Franklin en 1821 en una casa privada para las dos familias católicas residentes. La diócesis de Nashville planificó una iglesia católica en el condado de Williamson ya en 1843, pero fue la afluencia de trabajadores católicos irlandeses del ferrocarril después de la Guerra Civil lo que dinamizó el esfuerzo por establecer la iglesia católica de San Felipe en 1871. Los trabajadores moldearon y cocieron a mano los ladrillos de la iglesia en el lugar y realizaron toda la construcción ellos mismos. El párroco John Nolan era un talentoso tallador de madera que decoró la iglesia y la rectoría con sus propias tallas en la década de 1890. En 1921, en el Jubileo de Oro, los descendientes de muchos de los fundadores de la iglesia donaron las vidrieras. El crecimiento en la década de 1970 hizo necesaria la serie de edificios que se ven hoy en día y que abarcan cuatro santuarios separados, todos ellos construidos entre 1976 y 1997. En la actualidad, el santuario principal se creó a partir de un antiguo banco situado en la calle Main, en la primera avenida, y el edificio original sirve de capilla. Antes de la iglesia, la propiedad pertenecía a John Eaton, un abogado de Franklin, senador de los EE.UU. y secretario de guerra del presidente Andrew Jackson. Eaton y su esposa Peggy se vieron envueltos en un escándalo que estuvo a punto de hacer caer la administración de Jackson.