Lähetyssaarnaajien papit viettivät ensimmäisen kerran messua Franklinissa vuonna 1821 kahden siellä asuvan katolisen perheen yksityiskodissa. Nashvillen hiippakunta suunnitteli katolista kirkkoa Williamsonin piirikuntaan jo vuonna 1843, mutta irlantilaiskatolisten rautatietyöläisten tulo sisällissodan jälkeen antoi pontta Pyhän Filipin katolisen kirkon perustamispyrkimyksille vuonna 1871. Työläiset muokkasivat ja polttivat kirkon tiilet käsin paikan päällä ja tekivät kaiken rakentamisen itse. Pastori John Nolan oli lahjakas puunveistäjä, joka koristeli sekä kirkon että pappilan omilla veistoksillaan 1890-luvulla. Vuonna 1921, kirkon kultaisen juhlavuoden yhteydessä, monien kirkon perustajien jälkeläiset lahjoittivat lasimaalaukset. Kasvun myötä 1970-luvulla tarvittiin nykyisiä rakennuksia, jotka käsittävät neljä erillistä pyhäkköä ja jotka kaikki rakennettiin vuosina 1976-1997. Nykyään pääpyhäkkö rakennettiin entisestä pankista Main Streetillä 1st Avenuen varrella, ja alkuperäinen rakennus toimii kappelina. Ennen kirkon perustamista kiinteistön omisti John Eaton, Franklinin lakimies, Yhdysvaltain senaattori ja sotaministeri presidentti Andrew Jacksonin aikana. Eaton ja hänen vaimonsa Peggy sotkeutuivat skandaaliin, joka melkein kaatoi Jacksonin hallinnon.