Kapłani misjonarze po raz pierwszy odprawili mszę we Franklin w 1821 roku w prywatnym domu dla dwóch zamieszkałych tam rodzin katolickich. Diecezja Nashville zaplanowała kościół katolicki w hrabstwie Williamson już w 1843 roku, ale to napływ irlandzkich katolickich pracowników kolei po wojnie secesyjnej zdynamizował wysiłki w celu ustanowienia kościoła katolickiego św. Filipa w 1871 roku. Robotnicy ręcznie formowali i wypalali cegły na miejscu i sami wykonywali wszystkie prace budowlane. Pastor Fr. John Nolan był utalentowanym rzeźbiarzem w drewnie i w latach 90-tych XIX wieku ozdobił kościół i plebanię swoimi własnymi rzeźbami. W 1921 roku, podczas Złotego Jubileuszu, potomkowie wielu fundatorów kościoła podarowali witraże. Rozwój kościoła w latach 70-tych spowodował powstanie serii budynków, które widzimy dzisiaj, obejmujących cztery oddzielne sanktuaria, wszystkie zbudowane między 1976 a 1997 rokiem. Obecnie główna świątynia powstała w byłym banku przy Main Street przy 1st Avenue, a oryginalny budynek służy jako kaplica. Zanim powstał kościół, nieruchomość należała do Johna Eatona, prawnika z Franklin, senatora Stanów Zjednoczonych i sekretarza wojny za czasów prezydenta Andrew Jacksona. Eaton i jego żona Peggy zostali wplątani w skandal, który prawie doprowadził do upadku administracji Jacksona.