Gross
Det fordøjelseskanalen er et muskuløst rør, ca. 18-27 fod langt, der strækker sig fra munden til anus. Den består af syv afdelinger og fire hjælpeorganer. Komparaterne huser maden, mens den passerer gennem fordøjelseskanalen, mens hjælpeorganerne udskiller enzymer eller producerer molekyler, der hjælper med fordøjelsen. De tilknyttede organer er forbundet med hovedfordøjelseskanalen gennem en række kanaler. Komparterne findes i følgende rækkefølge: mund, svælg, spiserør, mave, tyndtarm, tyktarm, tyktarm og anus. Tilbehørsorganerne består af de parvise spytkirtler, bugspytkirtlen, leveren og galdesystemet.
Mikroskopisk
Mag-tarmkanalen (tarmen) er sammensat af tre mikroskopiske lag. Hvert lag er vigtigt for enten at opretholde peristalsis – tarmens klemmende bevægelse – eller tarmens fordøjelsesfunktioner. Det inderste lag er slimhinden. Slimhinden består af specialiserede celler, der er kendt som epitelceller. Disse celler kan være anbragt i et enkelt lag, som det ses i spiserøret, eller i flere lag, som det ses i maven og tarmen. Epitelet tjener til at reducere friktion og udgøre en beskyttende barriere mod de koncentrerede enzymer, der frigives i det indre af tarmen, som kaldes lumen. Det er det første lag, som næringsstoffer skal passere for at nå blodbanen. Uden denne barriere ville andre lag i tarmen blive autodigmenteret af enzymer, og giftige stoffer ville have fri passage ind i blodstrømmen.
Slimhinden består også af et tyndt lag muskelvæv. Dette benævnes muscularis mucosa. Hovedfunktionen for denne del af slimhinden er at hjælpe med at fremdrive næringsstoffer i en ensartet retning fra lumen til submucosa. Endelig er der noget bindevæv i slimhinden, der tjener til at holde alle strukturer sammen og i nogenlunde faste positioner.
Submucosa
Det næste lag, man støder på – fra indersiden af lumen til ydersiden af tarmen – er submucosa. Dette anses ikke for at være et særskilt lag i forhold til slimhinden, men det har nogle særlige egenskaber. Dette lag består af bindevæv, der indeholder blodkar, nerver og lymfekar, kar, der transporterer lymfemateriale. Optagelsen i blodbanen finder sted i dette lag. Når det er lykkedes næringsstofferne at passere slimhindelaget, vil de komme i kontakt med blodkarrene her. Gennem passiv og aktiv diffusion vil næringsstofferne blive absorberet i blodstrømmen og transporteret gennem kredsløbssystemet til resten af kroppen.Nerverne i dette lag hjælper med at koordinere peristaltikken og absorptionen. I mellemtiden transporterer lymfekarrene celler fra immunsystemet, som hjælper med at bekæmpe infektioner. Når bakterier trænger ind i tarmen og kommer forbi slimhindebarrieren og ind i submucosa, vil cellerne i lymfevævet identificere det fremmede stof og angribe og ødelægge bakterierne og dermed forhindre spredning af infektionen.
Muscularis Externa
Det andet egentlige lag, man støder på, er tarmens muskulære lag (muscularis externa). Dette består af to diskrete lag: et indre lag af muskler, der løber op og nedad (longitudinal muskel), og et ydre lag af muskler, der løber cirkulært (cirkulær muskel). Hovedfunktionen for disse to lag er at sørge for tarmens peristaltik. Den peristaltiske bevægelse ligner den, som en tomme orm laver, og skaber en langsom bølge af sammentrækninger, der starter i spiserøret og fortsætter gennem endetarmen. de to muskellag arbejder komplementært for at presse maden og fordøjelsesprodukterne gennem fordøjelseskanalen. De langsomme bølger af peristaltik er kendt som det migrerende motoriske kompleks (MMC). Disse bølger er konstante, fortsætter mellem måltiderne og afbrydes kun af massebevægelser. Massebevægelserne driver maden hurtigt gennem tarmen, når den udfordres af mad og fordøjelsesprodukter.
Serosa
Det tredje og sidste lag af tarmen er serosa. Dette lag består hovedsagelig af bindevæv og giver styrke til den lange fordøjelseskanal. Det er med til at holde tarmen i bryst- og bughulen ved at fæstne sig til de omkringliggende strukturer. Selv om de ikke er stift fastgjort, forbliver organerne og afdelingerne i mave-tarmkanalen i et konstant forhold til hinanden og til de omkringliggende organer takket være deres serosaltilhæftninger.