Den holistiske eller biologiske tandpleje kan variere meget med hensyn til de teknikker og tjenester, de tilbyder. Mens mange konventionelle tandlæger anerkender, at der er betydelige fordele ved forskellige forebyggende tilgange til tandpleje, har nogle af disse tandlæger kritiseret holistisk praksis for manglende effektivitet i tilgangen og falsk markedsføring i deres praksis.
En betydelig del af kritikken af holistisk tandpleje er relateret til den ubegrundede brug af visse tjenester og behandlinger, hvoraf mange enten er blevet undersøgt og fundet ineffektive, eller ikke er blevet undersøgt nok til at blive erklæret sikre og effektive til praksis. F.eks. anbefales urtemedicin ofte i form af mundskyl og tandpasta for at forebygge eller behandle visse tandlægesygdomme. Det er angiveligt mere sikre produkter, fordi de er “naturlige”. Der mangler imidlertid videnskabelig forskning, som støtter sådanne behandlinger, og det er faktisk blevet konstateret, at naturlægemidler påvirker sikkerheden ved mere invasive eller langvarige tandbehandlinger og kan føre til yderligere komplikationer, hvis de interagerer med en patients nuværende medicinering. Nogle traditionelle plantetandplejeteknikker, som f.eks. brugen af Miswak-pinden, har dog vist sig at være muligvis effektive. Imidlertid er området for plantetandhygiejne stadig et stort set uudforsket område, og det vil være nødvendigt med yderligere strenge videnskabelige evalueringer for at fastslå effektiviteten af forskellige metoder.
Nogle kritikere af holistisk tandplejepraksis bemærker også, at de honorarer, der opkræves af sådanne behandlere, generelt er flere gange højere end de almindelige tandlægers honorarer. Nogle hævder, at alternativ tandpleje blot er en udnyttelse af niche-sundhedsopfattelser og gimmicks for at retfærdiggøre højere honorarer. Et muligt eksempel herpå er Cavitat, et ikke valideret ultralydsapparat, der hævdes at kunne påvise påståede læsioner, der beskrives som “hulrum” (se: neuralgiinducerende kavitationsosteonekrose), eller visse “biologiske tandlægers” ikke evidensbaserede brug af åndedrætsapparater under fjernelse af amalgamfyldninger, der skal reducere kviksølvforgiftningen ved at fjerne det indåndede luftbårne materiale. Andre hævder imidlertid, at sådanne metoder ikke er repræsentative for hele området for holistisk tandpleje.