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Bacillus megaterium wird seit mehr als 50 Jahren industriell genutzt, da es einige sehr nützliche und ungewöhnliche Enzyme und eine hohe Kapazität für die Produktion von Exoenzymen besitzt. Er ist auch ein beliebter Klonierungswirt für die Produktion intakter Proteine, da er keine externen alkalischen Proteasen besitzt und eine Vielzahl von Plasmidvektoren stabil halten kann. Zu den genetischen Werkzeugen für diese Art gehören transduzierende Phagen und mehrere hundert Mutanten, die die Prozesse der Biosynthese, des Katabolismus, der Teilung, der Sporulation, der Keimung, der Antibiotikaresistenz und der Rekombination abdecken. Die sieben Plasmide des B. megaterium-Stammes QM B1551 enthalten mehrere ungewöhnliche Stoffwechselgene, die für die Bioremediation nützlich sein könnten. Kürzlich wurden mehrere rekombinante Shuttle-Vektoren konstruiert, die verschiedene starke induzierbare Promotoren und verschiedene Kombinationen von Affinitäts-Tags zur einfachen Proteinreinigung tragen. Mit Hilfe von Leitsequenzen wurde der Export von Proteinen mit Affinitätsmarkierungen in das Wachstumsmedium ermöglicht. Diese Plasmide sind im Handel erhältlich. Für eine breitere Anwendung von B. megaterium in der Industrie wurden Sporulations- und Protease-defiziente sowie UV-empfindliche Mutanten konstruiert. Die Genomsequenz von zwei verschiedenen Stämmen, dem plasmidlosen DSM319 und QM B1551, der sieben natürliche Plasmide trägt, ist jetzt verfügbar. Diese Sequenzen ermöglichen eine systembiotechnische Optimierung des Produktionswirts B. megaterium. Insgesamt macht ein „Werkzeugkasten“ von Hunderten von genetisch charakterisierten Stämmen, genetischen Methoden, Vektoren, Wirten und genomischen Sequenzen B. megaterium zu einem idealen Organismus für industrielle, ökologische und experimentelle Anwendungen.