Dieser Song dient als Ende des Albums und hat eine laute, sich wiederholende Melodie, die sich aufbaut und dann mit einem sehr ruhigen Outro endet. Wenn die Hauptinstrumentierung bei 1:30 endet, erscheint der Klang eines Herzschlags aus dem ersten Track, „Speak to Me“, der wieder im 9/8-Takt erscheint und allmählich in die Stille übergeht.
Harmonisch besteht der Song aus einer sich wiederholenden 4-taktigen Akkordfolge: D, D/C, B♭maj7, und A7sus4, das sich zu A7 auflöst. Die Basslinie ist ein absteigender Tetrachord.
David Gilmour hat zwei Spuren der Rhythmusgitarre aufgenommen, auf denen er Arpeggien spielt, eine in offener Position und eine viel höher, etwa am zehnten Bund. Der tiefere Gitarrenpart umfasst die offenen G- und E-Saiten während des B♭maj7, was zu einer zusätzlichen Sexte und einer dissonanten übermäßigen Quarte führt. Das Quartett der Backgroundsängerinnen variiert seine Parts, steigert die Lautstärke und gibt einige der Texte von Roger Waters wieder, während das Stück an Intensität zunimmt. Bei der letzten Wiederholung der Akkordfolge führt das B♭maj7 direkt zu einem Höhepunkt in D-Dur, was zu einem „aufhellenden“ Effekt führt (bekannt als Picardie-Terz), da sich die oben erwähnte Andeutung von d-Moll im B♭maj7-Akkord nach Dur verschiebt.
Waters schrieb den Text für die Schlusssequenz von „Brain Damage“ / „Eclipse“ unterwegs, da er das ganze Stück als „unfertig“ empfand. Die letzten Worte, die in dem Song und auch auf dem Album The Dark Side of the Moon gesungen werden, richten sich an den Zuhörer: „Und alles unter der Sonne ist im Einklang, aber die Sonne wird vom Mond verfinstert.“ Waters erklärte die Bedeutung dieser Worte sowie des gesamten Liedes, indem er behauptete:
Ich sehe es nicht als ein Rätsel. Das Album benutzt die Sonne und den Mond als Symbole; das Licht und die Dunkelheit; das Gute und das Böse; die Lebenskraft im Gegensatz zur Todeskraft. Ich denke, es ist eine sehr einfache Aussage, die besagt, dass all die guten Dinge, die das Leben zu bieten hat, für uns zum Greifen nahe sind, aber dass der Einfluss einer dunklen Kraft in unserer Natur uns daran hindert, sie zu ergreifen. Der Song wendet sich an den Hörer und sagt, dass, wenn du, der Hörer, von dieser Kraft betroffen bist, und wenn diese Kraft dir Sorgen bereitet, dann fühle ich mich auch genau so. Mit der Zeile ‚I’ll see you on the dark side of the moon‘ spreche ich zum Hörer und sage: ‚Ich weiß, dass du diese schlechten Gefühle und Impulse hast, weil ich sie auch habe, und eine der Möglichkeiten, wie ich einen direkten Kontakt zu dir herstellen kann, ist, die Tatsache mit dir zu teilen, dass ich mich manchmal schlecht fühle.
Der Portier der Abbey Road Studios, Gerry O’Driscoll, ist bei 1:37 zu hören und beantwortet die Frage: „Was ist ‚die dunkle Seite des Mondes‘?“ mit: „Es gibt keine dunkle Seite des Mondes, wirklich. Tatsächlich ist er ganz dunkel. Das einzige, was ihn hell erscheinen lässt, ist die Sonne.“
Ganz am Ende der Aufnahme ist ein Ausschnitt der Orchesterversion des Beatles-Songs „Ticket to Ride“ zu hören, der von den Hollyridge Strings gecovert wurde. Das war unbeabsichtigt: Die Musik lief im Hintergrund in der Abbey Road, als Gerry O’Driscoll aufgenommen wurde. Auf der japanischen Black Triangle CD-Ausgabe des Albums von 1983 ist dies nicht enthalten; die Tontechniker kopierten eines der Heartbeat-Samples, entfernten das orchestrale „Ticket to Ride“, fügten das Sample wiederholt ein und blendeten das neue Outro aus.