Die quantitative Polymerase-Kettenreaktion (qPCR) in Echtzeit ist eine Standardtechnik, die in den meisten Labors für verschiedene Anwendungen in der Grundlagenforschung eingesetzt wird. Die Analyse von qPCR-Daten ist ein wichtiger Teil des gesamten Experiments, was zur Entwicklung einer Vielzahl von Methoden geführt hat. Die veröffentlichten Tools decken entweder bestimmte Teile des Arbeitsablaufs ab oder bieten komplette Analyselösungen.
Hier haben wir 27 frei zugängliche Softwarepakete und Tools für die Analyse von qPCR-Daten untersucht. Die Umfrage umfasst 8 Microsoft Windows-, 5 webbasierte, 9 R-basierte und 5 Tools von anderen Plattformen. Die untersuchten Pakete und Tools unterstützen die Analyse verschiedener qPCR-Anwendungen, wie RNA-Quantifizierung, DNA-Methylierung, Genotypisierung, Identifizierung von Kopienzahlvariationen und digitale PCR. Wir geben einen Überblick über die Funktionalität, die Merkmale und die spezifischen Anforderungen der einzelnen Software-Tools, wie z. B. Datenaustauschformate, Verfügbarkeit einer grafischen Benutzeroberfläche, enthaltene Verfahren zur grafischen Datendarstellung und angebotene statistische Methoden. Darüber hinaus geben wir einen Überblick über Quantifizierungsstrategien und berichten über verschiedene Anwendungen der qPCR.
Unsere umfassende Umfrage hat gezeigt, dass die meisten Tools ihr eigenes Dateiformat verwenden und nur ein Bruchteil der derzeit existierenden Tools das standardisierte Datenaustauschformat RDML unterstützt. Um eine effizientere und vergleichbare Analyse von qPCR-Daten zu ermöglichen, müssen mehr Anbieter und Tools das standardisierte Format anpassen, um den Datenaustausch zwischen Gerätesoftware, Analysetools und Forschern zu fördern.