Sänger Paul Janeway und Bassist Jesse Phillips lernten sich Mitte der 2000er Jahre kennen, als sie in Birmingham als Teil der alternativen Soulband The Secret Dangers auftraten. Im Jahr 2012 trafen sich Jesse und Paul wieder in den Ol‘ Elegante Studios in Birmingham, um ein neues Projekt zu starten. Janeway sagt über das Projekt mit Phillips: „Es sollte unser letztes Hurra sein“, bevor wir uns auf andere Karrieren konzentrierten, „aber dann hat es einfach Klick gemacht und wir sind mit etwas rausgegangen.“ Als die beiden begannen, an Janeways Stimme zu arbeiten, wurde ihnen klar, dass sie ein Soul-Outfit gründeten. Als das Projekt voranschritt, holten die beiden Browan Lollar, früher bei The 400 Unit, Andrew Lee, Ben Griner und Allen Branstetter hinzu. Hier nahmen sie ihre erste EP „Greetings from St. Paul and The Broken Bones“ auf, bevor sie überhaupt eine Liveshow spielten.
Nach der Veröffentlichung von „Greetings from St. Paul and The Broken Bones“ wurde die Band von Managern und Labels gleichermaßen beachtet. Im Januar 2013 begannen sie mit den Aufnahmen ihres ersten Albums Half the City in den Nutthouse Recording Studios in Sheffield, Alabama und den Fame Studios in Muscle Shoals, Alabama. Während der Aufnahme des Albums holte die Band Al Gamble als Keyboarder hinzu. Gamble spielte weiterhin bei St. Paul and The Broken Bones und ist seit Januar 2014 ein festes Mitglied. Half the City wurde von Ben Tanner von den Alabama Shakes produziert.
Im Februar 2013 wurde Traci Thomas von Thirty Tigers auf St. Paul and The Broken Bones aufmerksam und verpflichtete sie als Managerin. Kurz darauf begannen sie mit ihrer Greetings from St. Paul and The Broken Bones EP eine Wochenendtournee, wobei sie darauf warteten, dass die Bläser ihren College-Abschluss machten, bevor sie auf ausgedehntere Tourneen gingen.
Am 18. Februar 2014 wurde die LP bei Single Lock Records veröffentlicht, einem Plattenlabel in Florence, Alabama, das Ben Tanner, Will Trapp und John Paul White von The Civil Wars gehört. Half the City wurde sofort von vielen nationalen Zeitschriften wie Paste Magazine, Garden and Gun, Southern Living, Rolling Stone und NPR gelobt. In der ersten Verkaufswoche erreichte Half the City Platz 62 in den Billboard 200 Charts. Nach großen Berichten in der NPR Morning Edition und einem nationalen Fernsehdebüt bei CBS This Morning: Saturday, erreichte das Debütalbum von St. Paul and The Broken Bones Platz 56 der Billboard 200. Zusätzlich zu ihrer eigenen Tournee eröffnete die Band am 9. Juni 2015 in Atlanta, Georgia, und am 11. Juli 2015 in Buffalo, New York, die Zip Code Tour von The Rolling Stones. Am 25. Juni 2016 spielten sie „All I Ever Wonder“ live auf BBC2 vom Glastonbury Festival.
Im Mai 2015 verließ der Posaunist Ben Griner die Gruppe, um an persönlichen Projekten zu arbeiten.
Im September 2016 erschien ihr zweites Album Sea of Noise.
Im Juni 2018 veröffentlichte die Band eine Single, „Apollo“, und kündigte ein Album an, Young Sick Camellia, das im September erscheinen soll.
Paul Janeway war auf dem Titelstück von Sigalas 2018er Album Brighter Days zu hören.