Im XVI. Jahrhundert gab Graf Muzio Tuttavilla Arbeiten zur Urbarmachung des Flusstals des Sarno in Auftrag, um einen Kanal zu graben. Bei den Ausgrabungen entdeckte der Architekt Fontana einige Gebäude mit verzierten Wänden in dem als „Collina della Civita“ bekannten Gebiet. Dieser Fund wurde dokumentiert und die Arbeiten am Kanal wurden fortgesetzt. Die Ausgrabungen in Pompeji wurden 1748 unter der Herrschaft von Karl von Bourbon wieder aufgenommen, während die Ausgrabungen in Herculaneum bereits sensationelle Entdeckungen ankündigten. Die Ausgrabungen in Pompeji waren ein monumentales Unterfangen, bei dem die Ressourcen in die größte Ausgrabungsarbeit aller Zeiten gesteckt wurden. Mit einigen kurzen Unterbrechungen dauern sie bis heute an. Da Herculaneum von einer Schlammlawine bedeckt war, kamen die Ausgrabungsarbeiten in Pompeji besser voran, weil es viel schwieriger war, die verhärtete Schlammdecke zu entfernen, als Pompeji aus den Schichten von Asche und Lapilli-Steinen auszugraben.
Das Interesse an der Erforschung Pompejis erhielt neuen Auftrieb, als zwischen 1806 und 1832 zahlreiche Gebäude rund um das Forum und einige der repräsentativen Häuser gefunden wurden.
Im Jahr 1860 wurde Giuseppe Fiorelli zum Leiter der archäologischen Stätte in Pompeji ernannt und führte erstmals eine Methodik ein, die die Entdeckung mit dem Konzept der Konservierung verband. Diese Technik wurde auf alle laufenden Ausgrabungen angewandt, die von nun an nicht mehr nur von dem Wunsch beseelt waren, wertvolle Gegenstände und wichtige Gebäude zu finden.
Zum ersten Mal führte der Wunsch, eine der größten Städte der Geschichte wieder zum Leben zu erwecken, zu rationalen und gut geplanten Ausgrabungen von Haus zu Haus. Es wurde eine Grabungstechnik eingeführt, bei der die Ausgrabungen auf dem Dach begannen und sich Schicht für Schicht zum Boden hinabbewegten, um zu verhindern, dass die Gebäude auf die zuvor ausgegrabenen Straßen einstürzten.
Zwischen 1875 und 1893 folgte eine wichtige Forschungsphase unter der Leitung des Architekten Michele Ruggiero. Es wurden zahlreiche Inseln und Häuser in den als „REGIO V“, „REGIO VIII“ und „REGIO IX“ bezeichneten Bereichen freigelegt, aber vor allem begannen die Restaurierungsarbeiten an den über fünfhundert Fresken, die an den Wänden der Häuser gefunden wurden.
Die Arbeiten gingen unter der Leitung von Vittorio Spinazzola in eine heikle Phase über, und die zwischen 1910 und 1924 durchgeführten Ausgrabungen konzentrierten sich auf die südlichen Bereiche der Stadt. Ziel war es, den gesamten Verlauf der Hauptstraße Via dell’Abbondanza freizulegen und die Fassaden der Gebäude entlang der Straße, die das Amphitheater mit dem Forum verbindet, ans Licht zu bringen. Dies führte zu Problemen bei der Eindämmung der Gebäudefassaden, da diese nun unter dem Druck der großen Aschemengen in ihrem Inneren standen.
Die Tatsache, dass die Forscher immer wieder auf interessante Gegenstände stießen, führte außerdem dazu, dass sie manchmal aus reiner Neugierde begannen, in den Inseln zu graben und sie dann aufgaben. So finden wir heute mehrere Häuser, die nur teilweise ausgegraben wurden. Dann kam der Archäologe Amedeo Maiuri, der zwischen 1924 und 1961 für die Entdeckung vieler Gegenstände verantwortlich war und vor allem zahlreiche Studien und grundlegende Interpretationen verfasste. Ihm ist es zu verdanken, dass viele wichtige Kapitel in dem großen Buch der Archäologie, das wir Pompeji nennen, geschrieben wurden.
Giuseppe Spano, eine Persönlichkeit aus der akademischen Welt, der als Leiter der archäologischen Ausgrabungen während der Aufsicht von Maiuri arbeitete, war der Autor vieler Werke, die zum Verständnis der Geschichte der Siedlungen um den Vesuv beigetragen haben.
Die heutige Zeit ist nicht nur durch neue Entdeckungen gekennzeichnet, sondern auch durch schwerwiegende Probleme bei der Bewahrung der Funde aus der Vergangenheit (ungeachtet der Wirtschaftslage hat der italienische Staat große Zurückhaltung bei der Verwendung öffentlicher Gelder in diesem Bereich gezeigt) und durch die Notwendigkeit, im Rahmen eines interdisziplinären Ansatzes neue Kapitel in der Geschichte Pompejis aufzuschlagen.