Krona, un Oan exiliado, viaja por el Multiverso y destruye universos buscando la verdad de la creación. Cuando llega al Universo Marvel, el Gran Maestro -que quiere salvar su universo- le propone que jueguen una partida. Si Krona gana, el Gran Maestro le llevará hasta Galactus, un ser de ese universo que ha sido testigo de la creación. Si pierde, Krona tendrá que salvar el universo del Gran Maestro. Antes de elegir a los jugadores que participarán en este juego, Krona exige que se intercambien los campeones, de modo que los Vengadores (los adversarios de siempre del Grandmaster) representarán a Krona y la Liga de la Justicia (del universo de origen de Krona) luchará por el Grandmaster. Esto significa que los Vengadores deben perder el juego para salvar su universo.
El Grandmaster informa a la Liga de la Justicia de que, para salvar su universo, tienen que reunir 12 objetos de poder -seis de cada universo-, mientras que su aliado Metron dice a los Vengadores que tienen que hacer lo mismo para evitar que su mundo sea destruido. Los seis objetos del Universo DC son la Lanza del Destino; el Libro de la Eternidad; el Orbe de Ra; la Máscara de Medusa; la Campana, la Jarra y la Rueda de los Tres Demonios; y la Batería de Poder de Linterna Verde de Kyle Rayner. Los seis objetos del Universo Marvel son el Nulificador Definitivo; el Ojo Maligno de Avalon; la Vara de Watoomb; el Cofre de los Antiguos Inviernos; el Cubo Cósmico; y el Guantelete del Infinito.
La Liga de la Justicia viaja al Universo Marvel y está consternada (especialmente Superman) por el fracaso de los Vengadores en mejorar la condición de su Tierra; por ejemplo, Flash (Wally West) se encuentra con un mutante de aspecto no humano que huye de una turba antimutante y Flash lo protege de la turba. Convencido de que Flash es un miembro de los Acólitos de Magneto, la mafia también le ataca. Flash también descubre que la Fuerza de la Velocidad (la fuente de sus poderes) no existe en este universo. Cuando los Vengadores visitan el Universo DC, se sorprenden de la arquitectura «futurista» de sus ciudades terrestres y de los honores que la Liga de la Justicia y otros héroes nativos reciben por sus hazañas. Como resultado, ellos (principalmente el Capitán América) se convencen de que la Liga de la Justicia son fascistas que exigen que los civiles los adoren como héroes.
Varios miembros de la Liga de la Justicia y los Vengadores viajan a través de los dos universos y luchan entre sí para recuperar los artefactos de poder. Una batalla final por el Cubo Cósmico tiene lugar en la Tierra Salvaje del Universo Marvel. Después de una batalla culminante de ida y vuelta, Quicksilver reclama el Cubo Cósmico. En ese momento, Krona y el Gran Maestro llegan a la escena, y este último observa y comenta que el marcador está igualado a 6-6. Sin embargo, Batman y el Capitán América -que juntos investigaron la causa de la contienda y descubrieron su verdadera naturaleza y lo que estaba en juego- llegan. El Capitán América lanza a propósito su escudo y arranca el Cubo de las manos de Quicksilver, permitiendo a Batman atraparlo. Con la pérdida del Cubo Cósmico por parte del Capitán América, el Gran Maestro anuncia que la Liga de la Justicia es la vencedora, con un resultado final de 7-5. Sin embargo, Krona no está dispuesto a aceptar la derrota y ataca al Gran Maestro, forzando la identidad de Galactus. A continuación, convoca a Galactus e intenta extraer información sobre el origen del universo. El Grandmaster utiliza el poder de los artefactos y fusiona ambos universos antes de que Krona pueda destrozar a Galactus.
La realidad se altera de tal manera que la Liga de la Justicia y los Vengadores son ahora aliados desde hace mucho tiempo, viajando regularmente entre mundos para luchar contra diversas amenazas. Además, los miembros de la JLA, muertos hace tiempo, Flash (Barry Allen) y Green Lantern (Hal Jordan) han reaparecido. Pero los universos son incompatibles entre sí y comienzan a destruirse a sí mismos y a los demás, y la gente cambia de mundo. Un efecto secundario de esto es que Superman y el Capitán América se vuelven paranoicos, irritables y malhumorados; sus emociones se disparan hasta el punto de culparse mutuamente de todo lo que está sucediendo (esto se explica más tarde como que ambos héroes están demasiado sincronizados con sus universos nativos). La aparición de un Krona espectral ayuda a los héroes a recordar parte de la contienda y descubren lo que está ocurriendo en sus mundos. El Extraño Fantasma aparece para guiar a los héroes hasta el Gran Maestro.
Debilitado por el ataque de Krona, el Gran Maestro explica cómo unió los universos para encarcelar a Krona utilizando los 12 objetos, pero Krona está fusionando aún más los universos para destruirlos, con la esperanza de crear un nuevo Big Bang, al que pueda sobrevivir y conocer finalmente sus misterios. Antes de morir, el Gran Maestro pide a los héroes reunidos que detengan a Krona y restablezcan el orden. Ante la insistencia del Capitán América, revela varios acontecimientos que han tenido lugar en los universos separados para mostrar a los héroes por qué clase de mundos están luchando. Cada miembro del equipo es testigo de las tragedias que les han ocurrido en sus universos separados, como la muerte de Barry Allen, el descenso al mal de Hal Jordan y la pérdida de los hijos de la Visión y la Bruja Escarlata. Algunos de los héroes contemplan la posibilidad de dejar los universos tal y como están para evitar que las tragedias ocurran, pero Hal Jordan inspira a todos a trabajar por el bien de sus mundos.
Krona ha atrapado a los avatares universales de Eternidad y Kismet mientras la realidad sigue cambiando. Ha descubierto que existe una sensibilidad en los universos y pretende forzar la salida de sus espíritus, dándole sus secretos. Ambos equipos de héroes reconcilian sus diferencias entre sí y hacen planes para detener a Krona. Al invadir la base interdimensional de Krona, el Capitán América lidera a todos los héroes que han sido miembros de la Liga de la Justicia o de los Vengadores. El caos crónico en la base hace que una lista de héroes siempre cambiante se enfrente a todos los villanos con los que los equipos han luchado alguna vez y que han sido mentalmente cautivados por Krona. A pesar de que el caos y las fuerzas en contra de ellos (tanto de Krona como de los villanos convocados) hacen que los héroes caigan uno a uno en el camino, Krona es finalmente derrotado cuando Flash lo distrae el tiempo suficiente para que Ojo de Halcón dispare una flecha explosiva a la máquina que usaba para mantener ambos mundos fusionados, tras lo cual Flash toma los objetos de poder -ambos héroes habían sido dados por muertos en la batalla. Krona es entonces absorbido por el vórtice que se está formando.
Las Tierras se separan con ayuda del Espectro (que en este momento es Hal Jordan, ahora restaurado a su estado actual) y los universos vuelven a sus estados normales. Mientras los héroes de ambos universos regresan a sus lugares apropiados, afirman que, hagan poco o mucho, siguen siendo héroes que siempre lucharán por el bien. Krona ha implosionado para formar un huevo cósmico, que está almacenado en la Atalaya de la JLA; Metron afirma que cuando el huevo eclosione, Krona aprenderá los secretos de la creación de su universo formando parte de él. Metrón y el recién resucitado Gran Maestro discuten cómo Metrón atrajo intencionadamente a Krona al Universo Marvel. El Grandmaster dice que esta es la primera partida que ha jugado en la que todos los bandos han ganado (el Grandmaster mediante la batalla entre los Justice Leaguers y los Vengadores, los héroes salvando sus universos, y Krona obteniendo finalmente las respuestas que buscaba).