Los practicantes de la odontología holística o biológica pueden variar mucho en cuanto a las técnicas y servicios que ofrecen. Mientras que muchos dentistas convencionales reconocen que hay un mérito significativo en los diferentes enfoques preventivos de la odontología, algunos de estos dentistas han criticado las prácticas holísticas por la falta de eficacia del enfoque y el falso marketing en sus prácticas.
Una parte significativa de la crítica a la odontología holística está relacionada con el uso no fundamentado de ciertos servicios y tratamientos, muchos de los cuales han sido investigados y encontrados ineficaces, o no han sido investigados lo suficiente como para ser declarados seguros y eficaces para la práctica. Por ejemplo, a menudo se recomiendan remedios a base de hierbas en forma de enjuague bucal y pasta de dientes para prevenir o tratar determinadas afecciones dentales. Son productos supuestamente más seguros porque son «naturales». Sin embargo, faltan investigaciones científicas que respalden estos tratamientos y, de hecho, se ha descubierto que los remedios a base de hierbas repercuten en la seguridad de procedimientos dentales más invasivos o prolongados, y pueden provocar complicaciones adicionales si interactúan con la medicación actual del paciente. Sin embargo, algunas técnicas dentales tradicionales a base de hierbas, como el uso del bastón Miswak, han demostrado su posible eficacia. Sin embargo, el ámbito de la higiene dental a base de hierbas sigue siendo un ámbito muy poco estudiado, y serán necesarias más evaluaciones científicas rigurosas para determinar la eficacia de los diferentes métodos.
Algunos críticos de la práctica de la odontología holística también señalan que los honorarios que cobran estos profesionales suelen ser varias veces superiores a los de los dentistas convencionales. Algunos afirman que la odontología alternativa no es más que la explotación de creencias y trucos de salud de nicho para justificar honorarios más altos. Un posible ejemplo de ello es el Cavitat, un dispositivo de ultrasonidos no validado que supuestamente puede detectar las supuestas lesiones descritas como «cavitaciones» (véase: osteonecrosis cavitacional que induce neuralgia), o la utilización no basada en pruebas de aparatos de respiración por parte de ciertos «dentistas biológicos» durante la retirada de empastes de amalgama, con la intención de reducir la toxicidad del mercurio al eliminar el material inhalado en el aire. Sin embargo, otros sostienen que estas prácticas no son representativas de todo el campo de la odontología holística.