Wynton Marsalis on nykyjazzin tunnetuin muusikko, jolla oli suuri vaikutus lähes alusta alkaen. 80-luvun alussa oli merkittävä uutinen, että nuori ja lahjakas musta muusikko päätti hankkia elantonsa soittamalla akustista jazzia eikä fuusiota, funkia tai R&B:tä. Marsalisin tulo näyttämölle käynnisti ”Young Lions” -liikkeen ja johti siihen, että suuret levy-yhtiöt yhtäkkiä solmivat ja edistivät nuoria soittajia. Nuorista trumpetisteista oli ollut suuri pula jo vuodesta 1970 lähtien, mutta Marsalisin yhtäkkinen tunnettuus innoitti aivan uutta vaskisoittajasukupolvea. Miles Davisin 60-luvun puolivälin Miles Davis Quintetin musiikki oli jäänyt uutena jonkin verran varjoon, mutta Marsalisin kvintetti keskittyi jatkamaan yhtyeen perintöä, ja pian muutkin ”Young Lion” -yhtyeet käyttivät Davisin myöhäistä akustista työskentelyä lähtökohtanaan. Itse asiassa Marsalisin innostavin työ on ollut nuorten parissa, joista monet hän on tutustuttanut jazziin; muutamaa nuorta muusikkoa, kuten Roy Hargrovea, Marsalis on auttanut suoraan. Hän löysi vähitellen oman äänensä tutkimalla aiempia jazz-tyylejä (kuten Louis Armstrongin soittoa), hallitsemalla wah-wah-mutin ja opiskelemalla Duke Ellingtonia. Siitä lähtien Marsalisilla oli oma soundinsa, vaikka hän soittaisi Miles Davisin standardeja, ja hän on ottanut paikkansa yhtenä jazzin suurista.
Pianisti Ellis Marsalisin poika, Branfordin nuorempi veli sekä Delfeayon ja Jasonin vanhempi veli (koko Marsalis-klaania voidaan kutsua osuvasti ”jazzin ensimmäiseksi perheeksi”), Wynton (joka sai nimensä pianisti Wynton Kellyn mukaan) sai ensimmäisen trumpetinsa kuusivuotiaana Ellisin työnantajalta Al Hirtiltä. Hän opiskeli sekä klassista että jazzia ja soitti paikallisissa marssiorkestereissa, funk-ryhmissä ja klassisissa orkestereissa. Marsalis soitti ensimmäisenä trumpettina New Orleans Civic Orchestrassa lukioikäisenä. Hän meni Juilliardiin 18-vuotiaana, ja vuonna 1980 hän teki ensimmäiset levytyksensä Art Blakey Big Bandin kanssa ja liittyi Jazz Messengersiin.
Vuoteen 1981 mennessä nuori trumpetisti oli jazzmaailman puheenaihe. Hän kiersi Herbie Hancockin kanssa (tuloksena tupla-LP), jatkoi työskentelyä Blakeyn kanssa, teki sopimuksen Columbian kanssa ja levytti ensimmäisen levynsä johtajana. Vuonna 1982 Marsalis perusti oman kvintettinsä (johon kuuluivat veli Branford, Kenny Kirkland, Charnett Moffett ja Jeff ”Tain” Watts) ja levytti ensimmäisen klassisen albuminsa; Marsalis nousi heti kaikkien aikojen parhaiden klassisten trumpetistien joukkoon. Hänen kvintettinsä Branfordin kanssa kesti vuoden 1985 loppupuolelle asti, vaikka veljesten välille syntyi eripura (onneksi se oli vain väliaikaista), kun Branford lopulta jätti yhtyeen kiertääkseen Stingin popyhtyeen kanssa. Tuohon aikaan Wynton oli jo supertähti, joka voitti lukemattoman määrän palkintoja ja gallupeja.
Marsalisin seuraavassa yhtyeessä soittivat pianisti Marcus Roberts, basisti Robert Hurst ja rumpali Watts. Ajan myötä ryhmä kasvoi nelitorviseptetiksi, johon kuuluivat pasunisti Wycliffe Gordon, altisti Wes Anderson, tenoristi Todd Williams, basisti Reginald Veal, rumpali Herlin Riley ja (90-luvun alkuun mennessä) pianisti Eric Reed. Marsalis todella kehitti sävellystyötään tällä aikakaudella (Duke Ellingtonin vaikutuksesta), ja septetti osoittautui täydelliseksi kanavaksi hänen sovittamiselleen. Vaikka Marsalis oli hajottanut yhtyeen vuoteen 1995 mennessä, monet sen muusikoista esiintyivät edelleen hänen erikoisprojekteissaan tai Lincoln Center Jazz Orchestran kanssa.
Vuonna 1997 Marsalisin maraton Blood on the Fields (joka julkaistiin kolmen CD:n sarjana) oli ensimmäinen jazzpohjainen teos, joka voitti Pulitzer-palkinnon. Standard Time, Vol. 5: The Midnight Blues seurasi vuotta myöhemmin. Kun niin monet jazzin jättiläiset menehtyivät, Marsalisin merkitys (trumpetistina, johtajana, kirjailijana ja jazzin puolestapuhujana) kasvoi entisestään. Standard Time, Vol. 4: Marsalis Plays Monk ilmestyi vuonna 1999 samaan aikaan suositun PBS:n erikoisohjelman kanssa. Ja aivan kuin kahdeksan kunnon levytystä vuonna 1999 ei olisi vielä riittänyt, Columbia ja Marsalis julkaisivat hämmästyttävän edullisen seitsemän levyn Live at the Village Vanguard -sarjan. Vuoden 2000 puolivälissä julkaistiin Marciac Suite ja Goin’ Down Home. Kaksi vuotta myöhemmin Marsalis juhli bluesia All Rise -levyllä. Seuraavaksi oli vuorossa hänen ensimmäinen työnsä Blue Notelle, The Magic Hour, albumi alkuperäistä materiaalia, joka julkaistiin alkuvuodesta 2004. Myöhemmin samana vuonna levy-yhtiö julkaisi Unforgivivable Blacknessin: The Rise and Fall of Jack Johnson, Marsalisin soundtrack Ken Burnsin dokumenttiin. Marsalisin toinen studioponnistus Blue Notelle, poliittisesti ja sosiaalisesti tiedostava From the Plantation to the Penitentiary, seurasi vuonna 2007.
Vuonna 2008 Marsalis liittoutui country-ikoni Willie Nelsonin kanssa livealbumille Two Men with the Blues, jolla kaksikko esiintyi kahden illan aikana Lincoln Centerissä. Seuraavana vuonna Marsalis julkaisi He and She -konseptialbumin, jolla hän käsitteli miesten ja naisten välisiä suhteita. Vuonna 2011 hän palasi Here We Go Again -livealbumilla: Celebrating the Genius of Ray Charles, jonka parina oli jälleen Nelson sekä laulaja Norah Jones. Samana vuonna Marsalis, joka oli aiemmin vieraillut kitaristi Eric Claptonin vuonna 2010 ilmestyneellä Clapton-albumilla, teki jälleen yhteistyötä rockin ja bluesin mestarin kanssa Play the Blues -konserttialbumilla: Live from Jazz at Lincoln Center. Vuonna 2011 Marsalis sävelsi myös Burnsin dokumenttielokuvaan Prohibition.
Seuraavien vuosien aikana Marsalis piti kiirettä esiintymisessä sekä esiintyi säännöllisesti televisiossa CBS Sunday Morningin kulttuurikirjeenvaihtajana. Hän liittyi myös Jazz at Lincoln Center Orchestran (JLCO) kokoonpanoon Live in Cuba -albumia varten, joka julkaistiin vuonna 2015 kahdella levyllä ja joka sisältää yhtyeen kaikkien aikojen ensimmäiset esiintymiset Kuubassa. Vuonna 2016 Marsalis julkaisi The Abyssinian Mass -levyn, joka on hänen vuonna 2008 tekemänsä sävellys Harlemin Abyssinian Baptist Churchin 200-vuotisjuhlan kunniaksi. The Abyssinian Mass on laaja teos, joka esitteli maallisen ja kirkollisen musiikin välisiä yhteyksiä, ja siinä esiintyi JLCO yhdessä Damien Sneedin ja Chorale le Chateaun kanssa. Alkuvuodesta 2017 julkaistiin The Music of John Lewis, vuoden 2013 Lincoln Centerin konsertti, jossa juhlistettiin Modern Jazz Quartetin perustajan musiikkia ja jossa esiintyi yhteistyökumppani Jon Batiste. Konserttikokoelma United We Swing: Best of the Jazz at Lincoln Center Galas, ilmestyi vuonna 2018 ja esitteli Marsalisin septetin rinnalla sellaisia vierailevia kuuluisuuksia kuin Ray Charles, Bob Dylan, Eric Clapton ja muita. Big Band Holidays II ja soundtrack-albumi Bolden ilmestyivät vuonna 2019, joista jälkimmäisellä Marsalis toimitti musiikkia elokuvaan, joka perustuu varhaisen jazz-kornetistin Buddy Boldenin elämään. Vuonna 2020 Marsalis julkaisi synkän ja satiirisen eepoksen Ever Fonky Lowdown, jossa esiintyivät Jazz at Lincoln Center Orchestra, laulajat Camille Thurman ja Doug Wamble sekä Wendell Piercen kertoja.