L’espionnage au Japon remonte aussi loin que le prince Shōtoku (572-622). Selon le Shōninki, le premier usage ouvert du ninjutsu pendant une campagne militaire a eu lieu lors de la guerre de Genpei, lorsque Minamoto no Kuro Yoshitsune a choisi des guerriers pour servir de shinobi pendant une bataille. Ce manuscrit poursuit en disant que durant l’ère Kenmu, Kusunoki Masashige utilisait fréquemment le ninjutsu. Selon les notes de bas de page de ce manuscrit, la guerre de Genpei a duré de 1180 à 1185, et la restauration de Kenmu s’est déroulée entre 1333 et 1336. Le ninjutsu a été développé par les samouraïs de la période Nanboku-cho, et affiné par des groupes de samouraïs provenant principalement de Kōka et de la province d’Iga au Japon dans les périodes ultérieures.
Au cours de l’histoire, les shinobi étaient des assassins, des éclaireurs et des espions qui étaient engagés principalement par des seigneurs territoriaux connus sous le nom de daimyō. Malgré leur capacité à assassiner furtivement, leur rôle principal était celui d’espions et d’éclaireurs. Les shinobis sont principalement connus pour leur utilisation de la furtivité et de la tromperie. Ils s’en servaient pour éviter la confrontation directe si possible, ce qui leur permettait d’échapper à de grands groupes d’opposition.
Plusieurs écoles différentes (ryū) ont enseigné leurs versions uniques du ninjutsu. Un exemple de ceux-ci est le Togakure-ryū, qui prétend avoir été développé après qu’un guerrier samouraï vaincu appelé Daisuke Togakure se soit échappé dans la région d’Iga. Il est ensuite entré en contact avec le moine-guerrier Kain Doshi, qui lui a enseigné une nouvelle façon de voir la vie et les moyens de survie (ninjutsu).:18-21
Le ninjutsu a été développé comme une collection de techniques survivalistes fondamentales dans l’état de guerre du Japon féodal. Les ninjas utilisaient leur art pour assurer leur survie à une époque de violents troubles politiques. Le ninjutsu comprenait des méthodes de collecte d’informations et des techniques de non-détection, d’évitement et de détournement. Le Ninjutsu impliquait un entraînement à la course libre, au déguisement, à la fuite, à la dissimulation, au tir à l’arc et à la médecine. Les compétences en matière d’espionnage et d’assassinat étaient très utiles aux factions en guerre dans le Japon féodal. À un moment donné, les compétences d’espionnage sont devenues connues collectivement sous le nom de ninjutsu, et les personnes spécialisées dans ces tâches étaient appelées shinobi no mono.