A holisztikus vagy biológiai fogászat gyakorlói nagyon eltérőek lehetnek az általuk kínált technikák és szolgáltatások tekintetében. Míg sok hagyományos fogorvos elismeri, hogy a fogászat különböző preventív megközelítéseinek jelentős érdemei vannak, e fogorvosok közül néhányan kritizálják a holisztikus gyakorlatokat a megközelítés hatékonyságának hiánya és a praxisok hamis marketingje miatt.
A holisztikus fogászat kritikájának jelentős része bizonyos szolgáltatások és kezelések megalapozatlan alkalmazásával kapcsolatos, amelyek közül sokat vagy megvizsgáltak és hatástalannak találtak, vagy nem kutatták eléggé ahhoz, hogy biztonságosnak és hatékonynak nyilvánítsák a gyakorlatban. Például gyakran ajánlanak gyógynövényeket szájvíz és fogkrém formájában bizonyos fogászati állapotok megelőzésére vagy kezelésére. Ezek állítólag biztonságosabb termékek, mivel “természetesek”. Hiányoznak azonban az ilyen kezeléseket alátámasztó tudományos kutatások, sőt, a gyógynövényes gyógymódokról kiderült, hogy befolyásolják az invazívabb vagy hosszabb ideig tartó fogászati eljárások biztonságát, és további komplikációkhoz vezethetnek, ha kölcsönhatásba lépnek a páciens jelenlegi gyógyszereivel. Ugyanakkor néhány hagyományos gyógynövényes fogászati technikáról, például a Miswak bot használatáról bebizonyosodott, hogy lehetséges hatékonysággal bír. A gyógynövényes fogászati higiénia területe azonban még mindig nagymértékben feltáratlan terület, és további szigorú tudományos értékelésekre lesz szükség a különböző módszerek hatékonyságának meghatározásához.
A holisztikus fogászati gyakorlat egyes kritikusai azt is megjegyzik, hogy az ilyen szakemberek által felszámított díjak általában többszörösen magasabbak, mint a hagyományos fogorvosoké. Egyesek azt állítják, hogy az alternatív fogászat csupán az egészséggel kapcsolatos hiánypótló hiedelmek és trükkök kihasználása a magasabb díjak igazolására. Erre egy lehetséges példa a Cavitat, egy nem validált ultrahangos készülék, amely állítólag képes kimutatni az állítólagos “üregek” (lásd: neuralgiát kiváltó üregiás csontritkulás), vagy a nem bizonyítékokon alapuló légzőkészülék használata egyes “biológiai fogorvosok” által az amalgámtömések eltávolítása során, amelynek célja a higany toxicitásának csökkentése a belélegzett levegőben lévő anyag kiküszöbölésével. Mások azonban azzal érvelnek, hogy az ilyen gyakorlatok nem reprezentatívak a holisztikus fogászat egész területére nézve.