ホリスティック歯科や生物学的歯科の実践者は、提供する技術やサービスが大きく異なることがあります。
ホリスティック歯科に対する批判のかなりの部分は、特定のサービスや治療法の根拠のない使用に関するもので、その多くは調査されて効果がないことが判明しているか、実践のための安全性と効果を宣言できるほど研究されていないものである。 例えば、ある種の歯科疾患の予防や治療のために、マウスウォッシュや歯磨き粉の形で漢方薬が勧められることがよくあります。 これらは「天然」であるため、より安全な製品であると考えられています。 しかし、そのような治療法を支持する科学的研究は不足しており、実際、ハーブ療法はより侵襲的で長期の歯科治療の安全性に影響を与えることが分かっており、患者の現在の薬と相互作用した場合、さらなる合併症を引き起こす可能性があります。 しかし、ミスワク・スティックの使用など、いくつかの伝統的な薬草歯科技術は、有効である可能性が示されている。 しかし、薬草歯科衛生の領域は、まだほとんど研究されていない領域であり、異なる方法の有効性を決定するためには、さらなる厳密な科学的評価が必要であろう。
また、ホリスティック歯科診療の批判者の中には、そのような開業医が請求する料金が一般に主流の歯科医の数倍であることを指摘する者もいる。 代替歯科医療は、高い料金を正当化するために、ニッチな健康信仰と仕掛けを利用したものに過ぎないという主張もある。 この例として、「キャビテーション」（神経痛を誘発するキャビテーション性骨壊死を参照）と呼ばれる病変を検出できるとされる検証されていない超音波装置「キャビタット」や、アマルガム充填の除去の際に、吸引された空気中の物質を除去することで水銀の毒性を低減しようとする、特定の「生物歯科医」が根拠なく呼吸装置を使用することがある。 しかし、そのような行為はホリスティック歯科の分野全体を代表するものではないとする意見もある
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