Szpiegostwo w Japonii datuje się już od czasów księcia Shōtoku (572-622). Według Shōninki, pierwsze otwarte użycie ninjutsu podczas kampanii wojskowej miało miejsce podczas wojny Genpei, kiedy to Minamoto no Kuro Yoshitsune wybrał wojowników, którzy mieli służyć jako shinobi podczas bitwy. Ten manuskrypt mówi dalej, że podczas ery Kenmu, Kusunoki Masashige często używał ninjutsu. Zgodnie z przypisami w tym rękopisie, wojna Genpei trwała od 1180 do 1185 roku, a Restytucja Kenmu miała miejsce między 1333 a 1336 rokiem. Ninjutsu zostało rozwinięte przez samurajów z okresu Nanboku-cho, a następnie udoskonalone przez grupy samurajów głównie z Kōka i prowincji Iga w Japonii w późniejszych okresach.
Przez całą historię, shinobi byli zabójcami, zwiadowcami i szpiegami, którzy byli wynajmowani głównie przez władców terytorialnych znanych jako daimyō. Pomimo zdolności do skrytobójczych zamachów, główną rolę odgrywali jako szpiedzy i zwiadowcy. Shinobi są głównie znani z używania podstępu i oszustwa. Używali tego, aby uniknąć bezpośredniej konfrontacji, jeśli to możliwe, co umożliwiało im ucieczkę przed dużymi grupami przeciwników.
Wiele różnych szkół (ryū) nauczało swoich unikalnych wersji ninjutsu. Przykładem tego jest Togakure-ryū, która twierdzi, że powstała po tym, jak pokonany wojownik samurajski o imieniu Daisuke Togakure uciekł do regionu Iga. Później zetknął się z wojownikiem-mnichem Kainem Doshim, który nauczył go nowego sposobu postrzegania życia i środków przetrwania (ninjutsu).:18-21
Ninjutsu zostało rozwinięte jako zbiór fundamentalnych technik przetrwania w wojowniczej, feudalnej Japonii. Ninja używali swojej sztuki, aby zapewnić sobie przetrwanie w czasach gwałtownych politycznych zawirowań. Ninjutsu obejmowało metody zbierania informacji oraz techniki niewykrycia, unikania i odwracania uwagi. Ninjutsu obejmowało szkolenie w zakresie swobodnego biegu, maskowania, ucieczki, ukrywania się, strzelania z łuku i medycyny. Umiejętności związane ze szpiegostwem i zabójstwami były bardzo przydatne dla walczących frakcji w feudalnej Japonii. W pewnym momencie umiejętności szpiegowskie stały się znane pod wspólną nazwą ninjutsu, a ludzie, którzy specjalizowali się w tych zadaniach, byli nazywani shinobi no mono.