Krona, en förvisad Oan, reser genom multiversumet och förstör universum för att finna sanningen om skapelsen. När han anländer till Marvel Universe föreslår Grandmaster – som vill rädda sitt universum – att de ska spela ett spel. Om Krona vinner kommer stormästaren att leda honom till Galactus, en varelse i det universumet som har bevittnat skapelsen. Om han förlorar måste Krona skona stormästarens universum. Innan Krona väljer vilka spelare som ska delta i spelet kräver han att byta mästare, så att Avengers (stormästarens långvariga motståndare) kommer att representera Krona och Justice League (från Kronas hemuniversum) kommer att kämpa för stormästaren. Detta innebär att Avengers måste förlora spelet för att rädda sitt universum.
Grandmaster informerar Justice League om att de för att rädda sitt universum måste samla ihop 12 kraftföremål – sex från varje universum – medan hans allierade Metron berättar för Avengers att de måste göra detsamma för att förhindra att deras värld förstörs. De sex föremålen från DC-universumet är ödets spjut, evighetens bok, Ra-klotet, Medusa-masken, Demons Three Bell, Jar and Wheel och Green Lantern Power Battery från Kyle Rayner. De sex föremålen från Marvels universum är Ultimate Nullifier, Evil Eye of Avalon, Wand of Watoomb, Casket of Ancient Winters, Cosmic Cube och Infinity Gauntlet.
Justitieförbundet reser till Marveluniversumet och är bestört (särskilt Stålmannen) över Avengers misslyckande med att förbättra deras jords tillstånd; till exempel stöter Flash (Wally West) på en icke-mänskligt utseende mutant som flyr från en antimutantmobb och Flash skyddar honom från mobben. Mofan är övertygad om att Flash är en medlem av Magnetos akoliter och attackerar även honom. Flash upptäcker också att Speed Force (källan till hans krafter) inte existerar i detta universum. När Avengers besöker DC-universumet överraskas de av den ”futuristiska” arkitekturen i dess jordiska städer och de hedersbetygelser som Justice League och andra inhemska hjältar får för sina gärningar. Som ett resultat av detta blir de (främst Captain America) övertygade om att Justice League är fascister som kräver att civilbefolkningen ska dyrka dem som hjältar.
Varier olika Justice League- och Avengers-medlemmar reser genom de två universumen och slåss mot varandra för att hämta artefakterna av makt. En sista strid om Cosmic Cube äger rum i Marvel Universe’s Savage Land. Efter en dramatisk kamp fram och tillbaka tar Quicksilver den kosmiska kuben i besittning. I det ögonblicket anländer Krona och Grandmaster till platsen, och den senare observerar och kommenterar att det står lika 6-6. Batman och Captain America – som tillsammans undersökte orsaken till tävlingen och upptäckte dess sanna natur och insatser – anländer dock. Captain America kastar avsiktligt sin sköld och slår kuben ur Quicksilvers händer, vilket gör att Batman kan fånga den. I och med att Captain America har förlorat den kosmiska kuben tillkännager stormästaren nu Justice League som segrare, med slutresultatet 7-5. Krona är dock ovillig att acceptera nederlaget och attackerar stormästaren och tvingar fram Galactus identitet från honom. Han kallar sedan Galactus till sig och försöker få ut information om universums ursprung. Stormästaren använder sig av artefakternas kraft och slår samman de båda universumen innan Krona kan slita Galactus i stycken.
Verkligheten förändras så att Justice League och Avengers nu är långvariga allierade, som regelbundet reser mellan världarna för att bekämpa olika hot. Dessutom har de sedan länge döda JLA-medlemmarna Flash (Barry Allen) och Green Lantern (Hal Jordan) återuppstått. Men universerna är oförenliga med varandra och börjar förstöra sig själva och varandra, med människor som byter mellan världarna. En bieffekt av detta är att Stålmannen och Kapten Amerika blir paranoida, irriterade och kortsiktiga; deras känslor flammar upp till den grad att de ger varandra skulden för allt som händer (detta förklaras senare med att båda hjältarna är för starkt synkroniserade med sina ursprungliga universum). När en spektral Krona dyker upp hjälper hjältarna hjältarna att komma ihåg en del av tävlingen och de får reda på vad som händer med deras världar. Phantom Stranger dyker upp och leder hjältarna till Grandmaster.
Svagt av Kronas attack förklarar Grandmaster hur han förde universerna samman för att fängsla Krona med hjälp av de 12 föremålen, men Krona slår samman universerna ytterligare för att förstöra dem, i hopp om att skapa en ny Big Bang, som han kan överleva och äntligen lära sig dess mysterier. Innan han dör ber stormästaren de samlade hjältarna att stoppa Krona och återställa ordningen. På Captain Americas insisterande avslöjar han olika händelser som hade ägt rum i de separata universerna för att visa hjältarna vilka slags världar de kämpar för. Varje gruppmedlem bevittnar de tragedier som hade drabbat dem i deras separata universum, till exempel Barry Allens död, Hal Jordans nedgång till ondska och förlusten av Vision och Scarlet Witchs barn. Några av hjältarna överväger att lämna universumen som de är för att förhindra att tragedierna inträffar, men Hal Jordan inspirerar alla att arbeta för sina världars bästa.
Krona har fångat de universella avatarerna Eternity och Kismet när verkligheten fortsätter att förändras. Han har upptäckt att det finns en känsla i universerna och har för avsikt att tvinga ut deras andar och ge honom deras hemligheter. Båda hjältegrupperna förlikar sina meningsskiljaktigheter med varandra och gör upp planer för att stoppa Krona. När Captain America invaderar Kronas interdimensionella bas leder han varje hjälte som någonsin varit medlem i Justice League eller Avengers. Ett kroniskt kaos på basen gör att en ständigt skiftande grupp av hjältar konfronteras med varje skurk som grupperna någonsin har kämpat mot, där skurkarna har blivit mentalt fängslade av Krona. Även om kaoset och de stora krafterna mot dem (både från Krona och de tillkallade skurkarna) gör att hjältarna faller en efter en på vägen, besegras Krona till slut när Flash distraherar honom tillräckligt länge för att Hawkeye ska kunna skjuta en explosiv pil in i den maskin som han använde för att hålla de båda världarna sammanfogade, varefter Flash tar maktens föremål – båda hjältarna hade tidigare förmodats vara döda i strid. Krona sugs sedan in i den bildande virveln.
Jordarna skiljs åt med hjälp av Spectre (som vid denna tidpunkt är Hal Jordan, nu återställd till sitt nuvarande tillstånd) och universerna återgår till sina normala tillstånd. När hjältarna från båda universumen återvänder till sina rätta platser bekräftar de att oavsett om de gör för lite eller för mycket så är de fortfarande hjältar som alltid kommer att kämpa för den goda kampen. Krona har imploderat och bildat ett kosmiskt ägg som förvaras i JLA:s vakttorn; Metron förklarar att när ägget kläcks kommer Krona att lära sig hemligheterna bakom sitt universums skapelse genom att vara en del av det. Metron och den nyligen återuppståndne stormästaren diskuterar hur Metron avsiktligt lockade Krona till Marveluniversum. Stormästaren säger att detta är det första spelet som han någonsin har spelat där alla sidor har vunnit (stormästaren genom striden mellan Justice Leaguers och Avengers, hjältarna genom att rädda sina universum och Krona genom att så småningom få de svar som han sökte).