Kontext
Under 49 f.Kr. hade Caesars förhållande till den romerska senaten försämrats på ett farligt sätt. Efter att nyligen ha erövrat och pacificerat de galliska stammarna var han stationerad i Cisalpinska Gallien när han fick order från senaten att lämna ifrån sig befälet över sina tio veteranlegioner. Han hade redan 51 f.Kr. skickat två legioner till Rom på senatens begäran, förmodligen för ett parthiskt fälttåg där de aldrig kom till användning. Han var ovillig att överlämna resten av sina legioner, varav nio övervintrade i Gallien. Caesar förstod att hans politiska karriär skulle försvinna om han lydde senatens krav, men han visste också att det skulle vara en krigshandling att trotsa det. Han bestämde sig för att krig var gynnsamt. Den 10-11 januari 49 f.Kr. förde Caesar Legio XIII Gemina över Rubiconfloden och in i egentliga Italia.
Senaten var säker på att städerna längs Caesars marsch söderut skulle samla sig för att försvara republiken, men det antagandet visade sig snabbt vara falskt. Pompejus var den ende konsuln vid denna tidpunkt, och även om han en gång var Caesars triumvirkollega var han nu en bestämd försvarare av senaten och republiken. Senaten hade bara två legioner i Italien – de två som Caesar hade skickat – och sviktande stöd i norr försvårade dess möjligheter att ta ut nya trupper. Pompejus uppmanade sina senatorskollegor att evakuera Rom och dra sig tillbaka med sin armé till Brundisium (nuvarande Brindisi), som ligger på den italienska halvöns hälle. När Caesar sedan nådde Rom öppnade staden sina portar för honom. I mars hade han förstärkts med fyra av sina galliska legioner och ryckte fram mot Brundisium, men inte innan Pompejus och senaten övergett Italia för att omgruppera sig i Epirus.
Med hela den italienska halvön nu i sitt grepp observerade Caesar att medan Pompejus lilla armé befann sig på andra sidan Adriatiska havet, var sju lojala legioner fortfarande stationerade i Hispania, om än utan general. Han valde att först eliminera den större armén innan de hann organisera sig. Han återvände kortvarigt till Rom i april, där han benådade sina politiska motståndare, tillsatte en ny senat och uppbådade minst 14 legioner. Sedan lämnade Caesar en betydande garnison i Italia och återförenade sig med några av sina galliska styrkor i södra Gallien innan han gick över till Hispania. Han krossade lojalisterna vid Ilerda i augusti och tvingade fram två legioner till kapitulation i Córdoba månaden därpå. När han återvände till Rom i oktober utropade Caesars senat honom till diktator och gav honom högsta auktoritet och omfattande befogenheter i nödsituationer.
Under de sju månaderna efter sin flykt till Epirus samlade Pompejus och de lojala senatorerna en formidabel armé. De rikliga östliga provinserna och klientkungarikena höjde senatens stridsstyrka till nio legioner på marken och en flotta med 300 fartyg som dominerade till sjöss. Efter att ha övervintrat i Dyrrhachium hade Pompejus för avsikt att invadera Italien och rädda republiken från despotism, som hans mentor Sulla hade gjort över 30 år tidigare. Caesar hoppades kunna döda denna plan i sin linda. Senaten förväntade sig att Caesar skulle korsa Adriatiska havet på våren 48 fvt, då vädret skulle vara varmare och vindarna starkare. De blev förvånade när de fann honom vid Epirus’ stränder i januari med sju veteranlegioner. Fyra legioner, ledda av Marcus Antonius, hindrades från att korsa av den starka lojalistflottan och tvingades övervintra i Brundisium. Denna motgång hindrade dock inte Caesar. Han svepte genom regionen och intog Apollonia och Oricum på vägen till Dyrrhachium. Där byggde han befästningar runt staden och blockerade den i sex månader, under vilken tid Antonius kunde nå Caesar med de fyra legionerna från Brundisium. Pompejus bröt blockaden men misslyckades med att krossa Caesars armé.
Det var nu augusti. Fortfarande oförskräckt slank Caesar och hans legioner iväg från sitt läger på natten. De marscherade sedan österut. Pompejus förföljde dem, troligen under tvång; hans senatorskollegor blev alltmer oroliga och krävde ett snabbt slut på vad som nu hade varit över ett och ett halvt års inbördeskrig. Caesar valde att gå över Pindusbergen och in i provinsen Makedonien, där han hittade en bördig dal där han kunde mata sina trupper medan han väntade på sina fiender. Exakt var Pompejus slog läger för sina legioner i denna dal – och följaktligen namnet på det efterföljande slaget – har debatterats livligt bland forskare, en detalj som kompliceras både av diskrepanser mellan antika redogörelser och moderna arkeologiska bevis. Enligt en äldre teori slog han läger sydost om floden Enipeus på sluttningen intill staden Pharsalus (nuvarande Fársala), varifrån det konventionella namnet på slaget härstammar. En nyare teori med växande stöd anser att han slog läger norr om floden på en sluttning intill Palaepharsalus (”gamla Pharsalus”, möjligen moderna Kríni), i vilket fall slaget korrekt skulle kallas slaget vid Palaepharsalus. Trots detta är forskare på båda sidor överens om att Pompejus placerade sina legioner på en sluttning några kilometer från Caesars läger i dalen och att Enipeus var ett definierande naturligt landmärke.