Hotel založil v roce 1876 restauratér a dvorní dodavatel k.u.k. Eduard Sacher (1843-1892) jako maison meublée na místě zbořeného Theater am Kärntnertor. Jeho otec, cukrář Franz Sacher (1816-1907), se proslavil svým Sachertorte, které údajně vytvořil pro recepci rakouského státního kancléře Klemense von Metternicha v roce 1832. Eduard Sacher se vyučil v cukrárně Demel a v roce 1873 otevřel svou první restauraci na Kärntner Straße.
V roce 1880 se oženil s Annou Sacherovou rozenou Fuchsovou (1859-1930), která se po jeho smrti stala jednatelkou. Rychle si získala pověst jak díky svým obchodním schopnostem, tak díky své výstřednosti, kdy ji nikdo nikdy neviděl bez francouzských buldočků a doutníku. Pod jejím vedením se hotel Sacher stal jedním z nejlepších hotelů na světě, kde se scházela aristokracie a diplomaté. Po první světové válce však Anna Sacherová udržovala pověst hotelu vyšší třídy a odmítala služby hostům nearistokratického původu, zatímco zchudlým aristokratům poskytovala štědré úvěry. Její vedení přivedlo podnik do finančních problémů a nakonec i k bankrotu a změně majitele ve 30. letech 20. století.
V roce 1934 převzala hotelový podnik rodina Gürtlerů pod firemním názvem „Eduard Sacher GmbH & Co OHG“ a budova prošla rozsáhlou rekonstrukcí. Po skončení druhé světové války bylo Spojenci okupované Rakousko, stejně jako Německo, rozděleno vítěznými mocnostmi na čtyři zóny. Stejně jako Berlín byla i Vídeň rozdělena do čtyř zón. Během okupace využívali Britové těžce poškozený hotel Sacher jako své velitelství a objevuje se i ve filmu Carola Reeda Třetí muž, neboť scénárista Graham Greene byl během výzkumných prací ve Vídni pravidelným návštěvníkem hotelového baru. Dne 4. srpna 1947 vybuchly v suterénu hotelu dvě kufříkové bomby. K odpovědnosti za bombový útok se přihlásila teroristická skupina Irgun.
Od roku 1989 vlastní rodina Gürtlerů také bývalý hotel Österreichischer Hof v Salcburku, který byl znovu otevřen jako Hotel Sacher Salzburg. Hotel Sacher ve Vídni přistavěl na přelomu let 2005/06 další patro s prostornými lázněmi na střeše, což vyvolalo rozruch u památkářů. Sachertorte se v hotelové restauraci podává i poté, co byly ukončeny desítky let trvající soudní spory s cukrárnou Demel.