Het hotel werd in 1876 opgericht als maison meublée op de plaats van het afgebroken Theater am Kärntnertor door de restaurateur en k.u.k.-leverancier aan het hof Eduard Sacher (1843-1892). Zijn vader, de banketbakker Franz Sacher (1816-1907), was beroemd geworden door zijn Sachertorte, die hij naar verluidt had gemaakt voor een receptie van de Oostenrijkse Rijkskanselier Klemens von Metternich in 1832. Eduard Sacher liep stage bij de banketbakkerij Demel en opende in 1873 zijn eerste restaurant aan de Kärntner Straße.
In 1880 trouwde hij met Anna Sacher née Fuchs (1859-1930), die na zijn dood bedrijfsleidster werd. Ze kreeg al snel een reputatie voor zowel haar commerciële vaardigheden als haar excentriciteit, want ze werd nooit gezien zonder haar Franse Bulldogs en een sigaar. Onder haar leiding werd Hotel Sacher een van de beste hotels ter wereld, waar de aristocratie en diplomaten elkaar ontmoetten. Na de Eerste Wereldoorlog hield Anna Sacher echter vast aan de upper-class reputatie van het hotel en weigerde zij service aan gasten van niet-aristocratische afkomst, terwijl zij verarmde aristocraten royaal krediet verleende. Haar management bracht het bedrijf in financiële problemen, en uiteindelijk tot een faillissement en een verandering van eigenaar in de jaren 1930.
In 1934 werd het hotelbedrijf overgenomen door de familie Gürtler onder de bedrijfsnaam “Eduard Sacher GmbH & Co OHG”, en het gebouw werd ingrijpend gerenoveerd. Na het einde van de Tweede Wereldoorlog werd het door de geallieerden bezette Oostenrijk, net als Duitsland, door de zegevierende mogendheden in vier zones verdeeld. Wenen werd, net als Berlijn, eveneens in vier zones onderverdeeld. Tijdens de bezetting gebruikten de Britten het nauwelijks beschadigde Hotel Sacher als hun hoofdkwartier en het komt voor in Carol Reed’s film The Third Man, als scenarioschrijver Graham Greene regelmatig in de bar van het hotel kwam terwijl hij onderzoek deed in Wenen. Op 4 augustus 1947 ontploften twee kofferbommen in de kelder van het hotel. De terreurgroep Irgun eiste de verantwoordelijkheid voor de bomaanslag op.
Sinds 1989 is de familie Gürtler ook eigenaar van het voormalige hotel Österreichischer Hof in Salzburg, dat werd heropend als Hotel Sacher Salzburg. Hotel Sacher in Wenen voegde in 2005/06 een verdieping toe met een ruim spagedeelte op het dak, wat opzien baarde bij monumentenzorgers. De Sachertorte wordt nog steeds geserveerd in het restaurant van het hotel, nadat tientallen jaren van geschillen met de banketbakkerij Demel tot een einde waren gekomen.