Hotellin perusti vuonna 1876 ravintoloitsija ja hovin k.u.k.-toimittaja Eduard Sacher (1843-1892) maison meublée -ravintolaksi puretun teatteri Kärntnertorin paikalle. Hänen isänsä, konditor Franz Sacher (1816-1907), oli tullut kuuluisaksi Sachertorteistaan, jotka hän tiettävästi loi Itävallan valtiokansleri Klemens von Metternichin vastaanottoa varten vuonna 1832. Eduard Sacher suoritti oppisopimuskoulutuksen konditoria Demelissä ja avasi vuonna 1873 ensimmäisen ravintolansa Kärntner Straße -kadulle.
Vuonna 1880 hän avioitui Anna Sacherin, o.s. Fuchsin (1859-1930) kanssa, josta tuli toimitusjohtaja Sacherin kuoleman jälkeen. Hän sai nopeasti mainetta sekä kaupallisista taidoistaan että eksentrisyydestään, sillä häntä ei koskaan nähty ilman ranskalaisia bulldoggejaan ja sikariaan. Hänen johdollaan Hotel Sacherista tuli yksi maailman hienoimmista hotelleista, jossa aristokraatit ja diplomaatit tapasivat. Ensimmäisen maailmansodan jälkeen Anna Sacher kuitenkin säilytti hotellin yläluokan maineen ja kielsi palvelemisen muilta kuin aristokraattisyntyisiltä asiakkailta, mutta myönsi anteliaasti luottoa köyhtyneille aristokraateille. Hänen johtonsa ajoi yrityksen taloudellisiin ongelmiin ja lopulta konkurssiin ja omistajanvaihdokseen 1930-luvulla.
Vuonna 1934 hotelliyritys siirtyi Gürtlerin perheen haltuun toiminimellä ”Eduard Sacher GmbH & Co OHG”, ja rakennus kunnostettiin perusteellisesti. Toisen maailmansodan päätyttyä liittoutuneiden miehittämä Itävalta jaettiin Saksan tavoin neljään vyöhykkeeseen voittajavaltojen toimesta. Wien jaettiin Berliinin tavoin neljään vyöhykkeeseen. Miehityksen aikana britit käyttivät tuskin vaurioitunutta Hotel Sacheria päämajanaan, ja se esiintyy Carol Reedin elokuvassa Kolmas mies, sillä käsikirjoittaja Graham Greene oli hotellin baarin kanta-asiakas tehdessään tutkimustyötä Wienissä. Elokuun 4. päivänä 1947 hotellin kellarissa räjähti kaksi matkalaukkupommia. Terroristiryhmä Irgun otti vastuun pommi-iskusta.
Gürtlerin suvun omistuksessa on vuodesta 1989 lähtien ollut myös entinen Österreichischer Hof -hotelli Salzburgissa, joka avattiin uudelleen Hotel Sacher Salzburgina. Wienissä sijaitseva Hotel Sacher lisäsi katolleen toisen kerroksen ja tilavan spa-tilan vuosina 2005/06, mikä herätti närää historian suojelijoiden keskuudessa. Sachertortea tarjoillaan edelleen hotellin ravintolassa sen jälkeen, kun vuosikymmeniä kestänyt riita Demel-konditorian kanssa saatiin päätökseen.