Primárním cílem léčby je pomoci klientovi pochopit a rekonceptualizovat jeho traumatickou událost tak, aby se snížily její trvalé negativní účinky na jeho současný život. Klíčové je přitom snížení vyhýbání se traumatu, protože je nutné, aby klient zkoumal a vyhodnocoval své metaemoce a přesvědčení, které trauma vyvolalo.
První fáze se skládá z edukace týkající se posttraumatické stresové poruchy, myšlenek a emocí. Terapeut se snaží navázat vztah s klientem a získat ho pro spolupráci tím, že naváže společné porozumění klientovým problémům a nastíní kognitivní teorii vzniku a udržování PTSD. Terapeut požádá klienta o sepsání prohlášení o dopadu, aby zjistil aktuální výchozí stav klientova porozumění tomu, proč k události došlo, a jaký měla dopad na jeho přesvědčení o sobě samém, o druhých a o světě. Tato fáze se zaměřuje na identifikaci automatických myšlenek a zvýšení povědomí o vztahu mezi myšlenkami a pocity člověka. Specifický důraz je kladen na to, aby se klient naučil identifikovat maladaptivní přesvědčení („zaseknuté body“), která brání zotavení z traumatických zážitků.
Další fáze zahrnuje formální zpracování traumatu. Terapeut požádá klienta, aby sepsal podrobný popis svého nejhoršího traumatického zážitku, který pak klient přečte terapeutovi na sezení. To má přerušit vzorec vyhýbání se a umožnit emoční zpracování, přičemž konečným cílem je, aby si klient ujasnil a upravil svá kognitivní zkreslení. Kliničtí lékaři často používají sokratovské otázky, aby klienta jemně pobídli, přičemž vycházejí z myšlenky, že pro zotavení je rozhodující, aby klient sám dospěl k novým poznatkům o svém traumatu, na rozdíl od bezvýhradného přijetí interpretací klinického lékaře. Alternativně lze CPT provádět bez použití písemných výpovědí (ve variantě známé jako CPT-Cognitive neboli CPT-C), která je podle některých kliniků stejně účinná a možná i efektivnější. Tato alternativní metoda se téměř výhradně spoléhá na sokratovský dialog mezi terapeutem a klientem.
Závěrečná fáze léčby se zaměřuje na to, aby pomohla klientovi upevnit dovednosti, které se naučil v předchozí fázi, se záměrem, aby tyto dovednosti mohl využít k další identifikaci, hodnocení a úpravě svých přesvědčení týkajících se traumatických událostí. Záměrem je umožnit klientům opustit léčbu se sebedůvěrou a schopností používat adaptivní strategie zvládání v životě po léčbě. Tato fáze se zaměřuje na pět konceptuálních oblastí, které traumatické zážitky nejčastěji poškozují: bezpečí, důvěru, moc/kontrolu, úctu a intimitu. Klienti si procvičují rozpoznání toho, jak jejich traumatické zážitky vedly k příliš generalizovaným přesvědčením, a také dopad těchto přesvědčení na současné fungování a kvalitu života.