Głównym celem leczenia jest pomoc klientowi w zrozumieniu i rekonceptualizacji jego traumatycznego wydarzenia w sposób, który zmniejsza jego bieżące negatywne skutki dla jego obecnego życia. Zmniejszenie unikania traumy jest kluczowe, ponieważ konieczne jest, aby klient zbadał i ocenił swoje meta-emocje i przekonania wygenerowane przez traumę.
Pierwsza faza składa się z edukacji dotyczącej PTSD, myśli i emocji. Terapeuta dąży do nawiązania kontaktu i współpracy z klientem poprzez wspólne zrozumienie jego problemów i przedstawienie poznawczej teorii rozwoju i utrzymania PTSD. Terapeuta prosi klienta o napisanie oświadczenia o wpływie, aby ustalić aktualną podstawę rozumienia przez klienta przyczyn zdarzenia oraz wpływu, jaki wywarło ono na jego przekonania o sobie, innych i świecie. Faza ta koncentruje się na identyfikacji automatycznych myśli i zwiększeniu świadomości związku pomiędzy myślami i uczuciami danej osoby. Szczególny nacisk kładzie się na nauczenie klienta rozpoznawania nieprawidłowych przekonań („punktów utknięcia”), które przeszkadzają w powrocie do zdrowia po traumatycznych przeżyciach.
Kolejna faza obejmuje formalne przetwarzanie traumy. Terapeuta prosi klienta o napisanie szczegółowego opisu swojego najgorszego traumatycznego doświadczenia, który następnie klient czyta terapeucie podczas sesji. Ma to na celu przerwanie schematu unikania i umożliwienie emocjonalnego przetwarzania, którego ostatecznym celem jest wyjaśnienie i zmodyfikowanie zniekształceń poznawczych klienta. Klinicyści często używają sokratejskich pytań, aby delikatnie zachęcić klienta, opierając się na założeniu, że własne dojście klienta do nowych przekonań na temat jego traumy, w przeciwieństwie do bezwarunkowej akceptacji interpretacji klinicysty, jest kluczowe dla wyzdrowienia. Alternatywnie, CPT może być prowadzona bez użycia pisemnych relacji (w wariancie znanym jako CPT-Cognitive, lub CPT-C), który niektórzy klinicyści uznali za równie skuteczny, a może nawet bardziej efektywny. Ta alternatywna metoda opiera się prawie całkowicie na dialogu sokratejskim między terapeutą a klientem.
Ostatnia faza leczenia koncentruje się na pomocy klientowi we wzmocnieniu umiejętności, których nauczył się w poprzedniej fazie, z zamiarem wykorzystania tych umiejętności do dalszej identyfikacji, oceny i modyfikacji przekonań dotyczących ich traumatycznych wydarzeń. Celem jest umożliwienie klientom zakończenia leczenia z pewnością siebie i zdolnością do stosowania adaptacyjnych strategii radzenia sobie w życiu po zakończeniu terapii. Faza ta koncentruje się na pięciu obszarach koncepcyjnych, w których doświadczenia traumatyczne najczęściej powodują szkody: bezpieczeństwo, zaufanie, władza/kontrola, szacunek i intymność. Klienci ćwiczą rozpoznawanie, w jaki sposób ich traumatyczne doświadczenia doprowadziły do powstania nadmiernie uogólnionych przekonań, a także wpływu tych przekonań na obecne funkcjonowanie i jakość życia.