A kezelés elsődleges célja, hogy segítsen a kliensnek megérteni és újrafogalmazni a traumatikus eseményt oly módon, hogy az csökkentse annak folyamatos negatív hatásait a jelenlegi életére. A trauma elkerülésének csökkentése kulcsfontosságú ehhez, mivel szükséges, hogy a kliens megvizsgálja és értékelje a trauma által generált metaérzelmeit és hiedelmeit.
Az első fázis a PTSD-vel, a gondolatokkal és az érzelmekkel kapcsolatos oktatásból áll. A terapeuta arra törekszik, hogy kapcsolatot alakítson ki a klienssel, és megnyerje a kliens együttműködését azáltal, hogy közös megértést alakít ki a kliens problémáiról, és felvázolja a PTSD kialakulásának és fenntartásának kognitív elméletét. A terapeuta megkéri a klienst, hogy írjon egy hatástörténeti nyilatkozatot, hogy megállapítsa a kliens jelenlegi alapértelmezését arról, hogy miért történt az esemény, és milyen hatással volt az önmagáról, másokról és a világról alkotott elképzeléseire. Ez a fázis az automatikus gondolatok azonosítására és a személy gondolatai és érzései közötti kapcsolat tudatosítására összpontosít. Különös hangsúlyt kap a kliens megtanítása a traumatikus élményekből való felépülést akadályozó maladaptív hiedelmek (“megrekedt pontok”) azonosítására.
A következő fázis a trauma formális feldolgozását foglalja magában. A terapeuta megkéri a klienst, hogy írjon részletes beszámolót a legrosszabb traumatikus élményéről, amelyet a kliens az ülésen felolvas a terapeutának. Ennek célja, hogy megtörje az elkerülés mintáját, és lehetővé tegye az érzelmi feldolgozást, a végső cél pedig az, hogy a kliens tisztázza és módosítsa kognitív torzulásait. A klinikusok gyakran használják a szókratészi kérdezést a kliens óvatos ösztönzésére, azon az elképzelésen alapulva, hogy a kliens saját maga jut el a traumával kapcsolatos új megismerésekhez, szemben a klinikus értelmezéseinek feltétel nélküli elfogadásával, ami kritikus a gyógyulás szempontjából. Alternatívaként a CPT írásbeli beszámolók használata nélkül is elvégezhető (a CPT-kognitív vagy CPT-C néven ismert változatban), amelyet egyes klinikusok ugyanolyan hatékonynak és talán hatékonyabbnak találtak. Ez az alternatív módszer szinte teljes egészében a terapeuta és a kliens közötti szókratikus párbeszédre támaszkodik.
A kezelés utolsó fázisa arra összpontosít, hogy segítsen a kliensnek megerősíteni az előző fázisban tanult készségeket, azzal a szándékkal, hogy ezeket a készségeket a traumatikus eseményekkel kapcsolatos meggyőződéseik további azonosítására, értékelésére és módosítására tudja használni. A cél az, hogy a kliensek a kezelésből úgy léphessenek ki, hogy a kezelés utáni életükben is képesek legyenek adaptív megküzdési stratégiákat alkalmazni. Ez a fázis öt olyan fogalmi területre összpontosít, amelyekben a traumatikus élmények leggyakrabban kárt okoznak: biztonság, bizalom, hatalom/ellenőrzés, megbecsülés és intimitás. A kliensek gyakorolják annak felismerését, hogy traumatikus élményeik hogyan eredményeztek túlzottan általánosított hiedelmeket, valamint e hiedelmek hatását a jelenlegi működésre és életminőségre.