O foco principal do tratamento é ajudar o cliente a compreender e reconceptualizar o seu evento traumático de uma forma que reduza os seus efeitos negativos contínuos na sua vida actual. A diminuição da prevenção do trauma é crucial para isso, já que é necessário que o cliente examine e avalie suas meta-emoções e crenças geradas pelo trauma.
A primeira fase consiste na educação em relação ao TEPT, pensamentos e emoções. O terapeuta procura desenvolver uma relação e cooperação com o cliente, estabelecendo uma compreensão comum dos problemas do cliente e delineando a teoria cognitiva do desenvolvimento e manutenção do TEPT. O terapeuta pede ao cliente que escreva uma declaração de impacto para estabelecer uma linha de base atual do entendimento do cliente sobre a razão pela qual o evento ocorreu e o impacto que ele teve em suas crenças sobre si mesmo, sobre os outros e sobre o mundo. Esta fase se concentra em identificar pensamentos automáticos e aumentar a consciência da relação entre os pensamentos e sentimentos de uma pessoa. Um foco específico é ensinar o cliente a identificar crenças mal adaptadas (“stuck points”) que interferem na recuperação de experiências traumáticas.
A próxima fase envolve o processamento formal do trauma. O terapeuta pede ao cliente para escrever um relato detalhado de sua pior experiência traumática, que o cliente então lê para o terapeuta em sessão. Isto pretende quebrar o padrão de evasão e permitir que o processamento emocional ocorra, sendo o objetivo final do cliente esclarecer e modificar suas distorções cognitivas. Os médicos muitas vezes usam o questionamento socrático para gentilmente provocar o cliente, com base na ideia de que o próprio cliente chega a novos conhecimentos sobre o seu trauma, em oposição à aceitação inquestionável das interpretações do médico, que é fundamental para a recuperação. Alternativamente, a fisioterapia pode ser realizada sem o uso de relatos escritos (numa variante conhecida como CPT-Cognitivo, ou CPT-C), que alguns clínicos consideraram igualmente eficazes e talvez mais eficientes. Este método alternativo baseia-se quase inteiramente no diálogo socrático entre o terapeuta e o cliente.
A fase final do tratamento centra-se em ajudar o cliente a reforçar as competências que aprendeu na fase anterior, com a intenção de que possa usar essas competências para identificar, avaliar e modificar ainda mais as suas crenças relativamente aos seus eventos traumáticos. A intenção é permitir ao cliente sair do tratamento com a confiança e capacidade de usar estratégias adaptativas na sua vida pós-tratamento. Esta fase se concentra em cinco áreas conceituais que as experiências traumáticas mais freqüentemente causam danos: segurança, confiança, poder/controle, estima e intimidade. Os clientes praticam reconhecendo como suas experiências traumáticas resultaram em crenças generalizadas demais, bem como o impacto dessas crenças no funcionamento atual e na qualidade de vida.